Bölüm 1: Temel işlemleri çalıştırma

Yapay Zeka Destekli Çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Nextflow Run eğitim kursunun bu ilk bölümünde, temel işlemleri göstermek ve ilgili Nextflow kod bileşenlerini işaret etmek için kullanacağımız çok temel, alandan bağımsız bir Hello World örneğiyle konuya yumuşak bir giriş yapıyoruz.

Hello World örneği nedir?

"Hello World!", bir programlama dilinin veya yazılım çerçevesinin temel sözdizimini ve yapısını göstermek için tasarlanmış minimalist bir örnektir. Örnek genellikle "Hello, World!" ifadesini konsol veya terminal gibi çıktı aygıtına yazdırmak veya bir dosyaya yazmaktan oluşur.

---

1. Doğrudan bir Hello World çalıştırın

Nextflow'a sarmadan önce ne yaptığını göstermek için doğrudan terminalde çalıştırdığımız basit bir komutla bu kavramı gösterelim.

İpucu

Başlangıç sayfasında açıklandığı gibi artık nextflow-run/ dizininde olmanız gerektiğini unutmayın.

1.1. Terminalin merhaba demesini sağlayın

Terminalinizde aşağıdaki komutu çalıştırın.

echo 'Hello World!'

Komut çıktısı

Hello World!

Bu, 'Hello World' metnini doğrudan terminalde çıktı olarak verir.

1.2. Çıktıyı bir dosyaya yazın

Pipeline'ları çalıştırmak çoğunlukla dosyalardan veri okumayı ve sonuçları başka dosyalara yazmayı içerir, bu yüzden örneği biraz daha ilgili hale getirmek için metin çıktısını bir dosyaya yazacak şekilde komutu değiştirelim.

echo 'Hello World!' > output.txt

Komut çıktısı

Bu, terminale hiçbir şey çıktı vermez.

1.3. Çıktıyı bulun

'Hello World' metni artık belirttiğimiz çıktı dosyasında, output.txt adıyla olmalıdır. Dosya gezgininde açabilir veya örneğin cat yardımcı programını kullanarak komut satırından açabilirsiniz.

Dosya içeriği

Hello World!

İlk Nextflow workflow'umuzla çoğaltmaya çalışacağımız şey budur.

Özet

Artık terminalde bazı metinler çıktı veren basit bir komutu nasıl çalıştıracağınızı ve isteğe bağlı olarak çıktıyı bir dosyaya nasıl yazdıracağınızı biliyorsunuz.

Sırada ne var?

Aynı sonucu elde eden bir Nextflow workflow'u çalıştırmanın ne gerektirdiğini öğrenin.

---

2. Workflow'u çalıştırın

Size --input adlı bir komut satırı argümanı aracılığıyla bir girdi selamlama alan ve bu selamlamayı içeren bir metin dosyası üreten 1-hello.nf adlı bir workflow betiği sağlıyoruz.

Henüz koda bakmayacağız; önce çalıştırmanın nasıl göründüğünü görelim.

2.1. Workflow'u başlatın ve çalışmayı izleyin

Terminalde aşağıdaki komutu çalıştırın:

nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World!'

Komut çıktısı

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `1-hello.nf` [goofy_torvalds] DSL2 - revision: c33d41f479

executor >  local (1)
[a3/7be2fa] sayHello | 1 of 1 ✔

Konsol çıktınız buna benzer görünüyorsa, tebrikler, ilk Nextflow workflow'unuzu çalıştırdınız!

Buradaki en önemli çıktı, yukarıdaki çıktıda vurgulanan son satırdır:

[a3/7be2fa] sayHello | 1 of 1 ✔

Bu bize sayHello process'inin bir kez başarıyla çalıştırıldığını söyler (1 of 1 ✔).

Bu harika, ama merak ediyor olabilirsiniz: çıktı nerede?

2.2. Çıktı dosyasını results dizininde bulun

Bu workflow, çıktısını bir results dizinine yayınlamak üzere yapılandırılmıştır. Geçerli dizininize bakarsanız, workflow'u çalıştırdığınızda Nextflow'un results adında yeni bir dizin ve bunun altında output.txt adlı bir dosya içeren 1-hello adlı bir alt dizin oluşturduğunu göreceksiniz.

results/

results
└── 1-hello
    └── output.txt

Dosyayı açın; içerik, komut satırında belirttiğiniz dizeyle eşleşmelidir.

Hello World!

Harika, workflow'umuz yapması gerekeni yaptı!

Ancak, 'yayınlanan' sonucun, Nextflow'un workflow'u çalıştırırken ürettiği gerçek çıktının bir kopyası (veya bazı durumlarda sembolik bir bağlantı) olduğunu unutmayın.

Şimdi, Nextflow'un işi gerçekte nerede yaptığını görmek için kaputun altına bir göz atacağız.

Uyarı

Tüm workflow'lar çıktıları bir results dizinine yayınlamak üzere ayarlanmayacaktır ve/veya dizin adları ve yapısı farklı olabilir. Bu bölümde biraz ileride, bu davranışın nerede belirtildiğini nasıl bulacağınızı göstereceğiz.

2.3. Orijinal çıktıyı ve logları work/ dizininde bulun

Bir workflow çalıştırdığınızda, Nextflow workflow'daki her bir process'in her çağrısı için (=pipeline'daki her adım) ayrı bir 'görev dizini' oluşturur. Her biri için gerekli girdileri hazırlar, ilgili talimatları yürütür ve çıktıları ve log dosyalarını, benzersiz hale getirmek için otomatik olarak bir hash kullanılarak adlandırılan bu tek dizine yazar.

Bu görev dizinlerinin tümü, geçerli dizininizdeki (komutu çalıştırdığınız yer) work adlı bir dizin altında yaşayacaktır.

Bu karmaşık gelebilir, bu yüzden pratikte nasıl göründüğüne bakalım.

Daha önce çalıştırdığımız workflow için konsol çıktısına geri dönersek, şu satır vardı:

[a3/7be2fa] sayHello | 1 of 1 ✔

Satırın [a3/7be2fa] ile nasıl başladığını görüyor musunuz? Bu, o process çağrısı için görev dizini yolunun kısaltılmış halidir ve work/ dizin yolu içinde sayHello process çağrısının çıktısını nerede bulacağınızı söyler.

Aşağıdaki komutu yazarak (kendi terminalinizde gördüğünüzle a3/7be2fayı değiştirerek) ve tab tuşuna basarak yolu otomatik tamamlayarak veya bir yıldız işareti ekleyerek tam yolu bulabilirsiniz:

ls work/a3/7be2fa*

Bu, tam dizin yolunu vermeli: work/a3/7be2fa7be2fad5e71e5f49998f795677fd68

İçinde ne olduğuna bir göz atalım.

Dizin içeriği

work
└── a3
    └── 7be2fad5e71e5f49998f795677fd68
        ├── .command.begin
        ├── .command.err
        ├── .command.log
        ├── .command.out
        ├── .command.run
        ├── .command.sh
        ├── .exitcode
        └── output.txt

Aynı şeyi görmüyor musunuz?

Tam alt dizin adları sisteminizde farklı olacaktır.

VSCode dosya gezgininde görev alt dizininin içeriğine göz atarsanız, tüm dosyaları hemen göreceksiniz. Ancak, log dosyaları terminalde görünmez olarak ayarlanmıştır, bu nedenle ls veya tree kullanarak görüntülemek istiyorsanız, görünmez dosyaları görüntülemek için ilgili seçeneği ayarlamanız gerekir.

tree -a work

output.txt dosyasını hemen tanımalısınız, bu aslında results dizinine yayınlanan sayHello process'inin orijinal çıktısıdır. Açarsanız, Hello World! selamlamasını tekrar bulacaksınız.

work/a3/7be2fa7be2fad5e71e5f49998f795677fd68/output.txt

Hello World!

Peki ya diğer tüm dosyalar?

Bunlar, Nextflow'un görev yürütmesinin bir parçası olarak yazdığı yardımcı ve log dosyalarıdır:

• .command.begin: Görev başlatıldığında oluşturulan sentinel dosyası.
• .command.err: Process çağrısı tarafından yayılan hata mesajları (stderr)
• .command.log: Process çağrısı tarafından yayılan tam log çıktısı
• .command.out: Process çağrısı tarafından normal çıktı (stdout)
• .command.run: Nextflow tarafından process çağrısını yürütmek için çalıştırılan tam betik
• .command.sh: Process çağrısı tarafından gerçekte çalıştırılan komut
• .exitcode: Komuttan kaynaklanan çıkış kodu

.command.sh dosyası özellikle yararlıdır çünkü size Nextflow'un yürüttüğü ana komutu gösterir, tüm defter tutma ve görev/ortam kurulumu dahil değildir.

work/a3/7be2fa7be2fad5e71e5f49998f795677fd68/command.sh

#!/bin/bash -ue
echo 'Hello World!' > output.txt

Bu, workflow'un daha önce doğrudan komut satırında çalıştırdığımız aynı komutu oluşturduğunu doğrular.

Bir şeyler ters gittiğinde ve ne olduğunu gidermeniz gerektiğinde, Nextflow'un workflow talimatlarına, değişken enterpolasyonuna vb. göre tam olarak hangi komutu oluşturduğunu kontrol etmek için command.sh betiğine bakmak yararlı olabilir.

2.4. Workflow'u farklı selamlamalarla yeniden çalıştırın

Workflow'u --input argümanı için farklı değerlerle birkaç kez yeniden çalıştırmayı deneyin, ardından görev dizinlerine bakın.

Dizin içeriği

work
├── 0f
│   └── 52b7e07b0e274a80843fca48ed21b8
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
├── 67
│   ├── 134e6317f90726c6c17ad53234a32b
│   │   ├── .command.begin
│   │   ├── .command.err
│   │   ├── .command.log
│   │   ├── .command.out
│   │   ├── .command.run
│   │   ├── .command.sh
│   │   ├── .exitcode
│   │   └── output.txt
│   └── e029f2e75305874a9ab263d21ebc2c
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
├── 6c
│   └── d4fd787e0b01b3c82e85696c297500
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
└── e8
    └── ab99fad46ade52905ec973ff39bb80
        ├── .command.begin
        ├── .command.err
        ├── .command.log
        ├── .command.out
        ├── .command.run
        ├── .command.sh
        ├── .exitcode
        └── output.txt

Her çalıştırma için tam bir çıktı ve log dosyası seti içeren yeni bir alt dizin oluşturulduğunu görüyorsunuz.

Buna karşılık, results dizinine bakarsanız, hala yalnızca bir sonuç seti vardır ve çıktı dosyasının içeriği en son çalıştırdığınız şeye karşılık gelir.

Dizin içeriği

results/

results
└── 1-hello
    └── output.txt

Bu size yayınlanan sonuçların sonraki çalıştırmalar tarafından üzerine yazılacağını, oysa work/ altındaki görev dizinlerinin korunduğunu gösterir.

Özet

Basit bir Nextflow betiğini nasıl çalıştıracağınızı, yürütülmesini nasıl izleyeceğinizi ve çıktılarını nasıl bulacağınızı biliyorsunuz.

Sırada ne var?

Temel bir Nextflow betiğini nasıl okuyacağınızı ve bileşenlerinin işlevselliğiyle nasıl ilişkili olduğunu öğrenin.

---

3. Hello World workflow başlangıç betiğini inceleyin

Orada yaptığımız şey temelde workflow betiğini bir kara kutu gibi ele almaktı. Şimdi ne yaptığını gördüğümüze göre, kutuyu açalım ve içine bakalım.

Buradaki amacımız Nextflow kodunun sözdizimini ezberlemek değil, ana bileşenlerin ne olduğu ve nasıl organize edildikleri hakkında temel bir sezgi oluşturmaktır.

3.1. Genel kod yapısını inceleyin

1-hello.nf betiğini nextflow-run olması gereken geçerli dizininizde bulacaksınız. Editör bölmesinde açın.

Tam kod dosyası

#!/usr/bin/env nextflow

/*
* 'Hello World!' ifadesini bir dosyaya yazdırmak için echo kullan
*/
process sayHello {

    input:
    val greeting

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo '${greeting}' > output.txt
    """
}

/*
* Pipeline parametreleri
*/
params {
    input: String
}

workflow {

    main:
    // bir selamlama yayınla
    sayHello(params.input)

    publish:
    first_output = sayHello.out
}

output {
    first_output {
        path '1-hello'
        mode 'copy'
    }
}

Bir Nextflow workflow betiği tipik olarak bir veya daha fazla process tanımı, workflow'un kendisi ve params ve output gibi birkaç isteğe bağlı blok içerir.

Her process, pipeline'daki ilgili adımın hangi işlem(ler)i gerçekleştirmesi gerektiğini açıklarken, workflow çeşitli adımları birbirine bağlayan veri akışı mantığını tanımlar.

Önce process bloğuna daha yakından bakalım, ardından workflow bloğuna bakacağız.

3.2. process tanımı

İlk kod bloğu bir process'i tanımlar. Process tanımı process anahtar kelimesiyle başlar, ardından process adı ve son olarak süslü parantezlerle sınırlandırılmış process gövdesi gelir. Process gövdesi, çalıştırılacak komutu belirten bir script bloğu içermelidir; bu, komut satırı terminalinde çalıştırabileceğiniz herhangi bir şey olabilir.

/*
* Bir selamlamayı bir dosyaya yazdırmak için echo kullan
*/
process sayHello {

    input:
    val greeting

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo '${greeting}' > output.txt
    """
}

Burada greeting adlı bir input değişkeni alan ve output'unu output.txt adlı bir dosyaya yazan sayHello adlı bir process'imiz var.

Bu, yalnızca bir input tanımı, bir output tanımı ve yürütülecek script'i içeren çok minimal bir process tanımıdır.

input tanımı, Nextflow'a bir tür değer beklediğini söyleyen val niteleyicisini içerir (bir dize, bir sayı veya herhangi bir şey olabilir).

output tanımı, bunun bir yol olarak işlenmesi gerektiğini söyleyen path niteleyicisini içerir (hem dizin yollarını hem de dosyaları içerir).

3.3. workflow tanımı

İkinci kod bloğu workflow'un kendisini tanımlar. Workflow tanımı workflow anahtar kelimesiyle başlar, ardından isteğe bağlı bir ad ve süslü parantezlerle sınırlandırılmış workflow gövdesi gelir.

Burada main: bloğu ve publish: bloğundan oluşan bir workflow'umuz var. main: bloğu workflow'un ana gövdesidir ve publish: bloğu results dizinine yayınlanması gereken çıktıları listeler.

workflow {

    main:
    // bir selamlama yayınla
    sayHello(params.input)

    publish:
    first_output = sayHello.out
}

Bu durumda main: bloğu sayHello process'ine bir çağrı içerir ve selamlama olarak kullanması için params.input adlı bir girdi verir.

Birazdan daha ayrıntılı tartışacağımız gibi, params.input komut satırımızda --input parametresine verdiğimiz değeri tutar.

publish: bloğu, sayHello() process çağrısının çıktısını listeler, buna sayHello.out olarak atıfta bulunur ve first_output adını verir (bu, workflow yazarının istediği herhangi bir şey olabilir).

Bu çok minimal bir workflow tanımıdır. Gerçek dünya pipeline'larında, workflow tipik olarak channel'larla bağlanan birden fazla process çağrısı içerir ve değişken girdiler için varsayılan değerler ayarlanmış olabilir.

Kursun 2. Bölümünde buna gireceğiz. Şimdilik, workflow'umuzun girdileri ve çıktıları nasıl işlediğine daha yakından bakalım.

3.4. Komut satırı parametreleri için params sistemi

sayHello() process çağrısına sağladığımız params.input, şık bir Nextflow kod parçasıdır ve üzerinde ekstra bir dakika harcamaya değer.

Yukarıda belirtildiği gibi, --input komut satırı parametresinin değerini sayHello() process çağrısına bu şekilde geçiriyoruz. Aslında, sadece params.someParameterName bildirmek, workflow'a komut satırından --someParameterName adlı bir parametre vermek için yeterlidir.

Burada bu parametre bildirimini, workflow'un beklediği girdi türünü belirten bir params bloğu kurarak resmileştirdik (Nextflow 25.10.2 ve sonrası).

/*
 * Pipeline parametreleri
 */
params {
    input: String
}

Desteklenen türler arasında String, Integer, Float, Boolean ve Path bulunur.

İpucu

params sistemi kullanılarak bildirilen workflow parametreleri komut satırında her zaman iki tire alır (--). Bu, onları yalnızca bir tire alan (-) Nextflow düzeyindeki parametrelerden ayırır.

3.5. publish direktifi

Workflow'un diğer ucunda, publish: bloğuna zaten göz attık. Bu, çıktı işleme sisteminin yarısıdır; diğer yarısı aşağıda bulunan output bloğudur.

output {
    first_output {
        path '1-hello'
        mode 'copy'
    }
}

Bu, publish: bloğunda listelenen first_output çıktısının varsayılan results çıktı dizini altında 1-hello adlı bir alt dizine kopyalanması gerektiğini belirtir.

mode 'copy' satırı, sistemin varsayılan davranışını geçersiz kılar, bu davranış düzgün bir kopya yerine work/ dizinindeki orijinal dosyaya sembolik bir bağlantı (veya symlink) yapmaktır.

Yayınlama davranışını kontrol etmek için burada gösterilenden daha fazla seçenek vardır; daha sonra birkaçını ele alacağız. Bir workflow birden fazla çıktı ürettiğinde, her birinin output bloğunda bu şekilde listelendiğini de göreceksiniz.

publishDir kullanarak çıktıları yayınlamak için eski sözdizimi

Çok yakın zamana kadar, çıktıları yayınlamanın yerleşik yolu, publishDir direktifi kullanarak her bir process düzeyinde yapmaktı.

Bu kod kalıbını eski Nextflow pipeline'larında ve process modüllerinde hala her yerde bulacaksınız, bu yüzden bunun farkında olmak önemlidir.

Workflow'da publish: bloğu ve üst düzeyde output bloğu yerine, sayHello process tanımında bir publishDir satırı görürdünüz:

process sayHello {

    publishDir 'results/1-hello', mode: 'copy'

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo 'Hello World!' > output.txt
    """
}

Ancak, gelecekteki Nextflow dil sürümlerinde sonunda yasaklanacağı için bunu herhangi bir yeni çalışmada kullanmanızı önermiyoruz.

Özet

Artık basit bir Nextflow workflow'unun nasıl yapılandırıldığını ve temel bileşenlerin işlevselliğiyle nasıl ilişkili olduğunu biliyorsunuz.

Sırada ne var?

Workflow çalıştırmalarınızı rahatça yönetmeyi öğrenin.

---

4. Workflow çalıştırmalarını yönetin

Workflow'ları başlatmayı ve çıktıları almayı bilmek harikadır, ancak hayatınızı kolaylaştıracak workflow yönetiminin birkaç başka yönü olduğunu hızla keşfedeceksiniz.

Burada size aynı workflow'u yeniden başlatmanız gerektiğinde resume özelliğinden nasıl yararlanacağınızı, çalıştırma loglarını nextflow log ile nasıl inceleyeceğinizi ve eski çalışma dizinlerini nextflow clean ile nasıl sileceğinizi gösteriyoruz.

4.1. -resume ile bir workflow'u yeniden başlatın

Bazen, daha önce başlattığınız bir pipeline'ı, önceden başarıyla tamamlanmış herhangi bir işi yeniden yapmadan çalıştırmak isteyeceksiniz.

Nextflow'un bunu yapmanıza olanak tanıyan -resume adlı bir seçeneği vardır. Özellikle, bu modda, tam olarak aynı kod, ayarlar ve girdilerle zaten çalıştırılmış olan tüm process'ler atlanacaktır. Bu, Nextflow'un yalnızca son çalıştırmadan bu yana eklediğiniz veya değiştirdiğiniz ya da yeni ayarlar veya girdiler sağladığınız process'leri çalıştıracağı anlamına gelir.

Bunu yapmanın iki önemli avantajı vardır:

• Bir pipeline geliştirmenin ortasındaysanız, değişikliklerinizi test etmek için yalnızca aktif olarak üzerinde çalıştığınız process(ler)i çalıştırmanız gerektiğinden daha hızlı iterasyon yapabilirsiniz.
• Üretimde bir pipeline çalıştırıyorsanız ve bir şeyler ters giderse, birçok durumda sorunu düzeltebilir ve pipeline'ı yeniden başlatabilirsiniz ve başarısızlık noktasından itibaren çalışmaya devam eder, bu da size çok zaman ve hesaplama tasarrufu sağlayabilir.

Kullanmak için, komutunuza -resume ekleyin ve çalıştırın:

nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World!' -resume

Komut çıktısı

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `1-hello.nf` [tiny_noyce] DSL2 - revision: c33d41f479

[a3/7be2fa] sayHello | 1 of 1, cached: 1 ✔

Konsol çıktısı tanıdık görünmeli, ancak öncekine kıyasla biraz farklı olan bir şey var.

Process durum satırında (satır 5) eklenen cached: kısmına bakın, bu Nextflow'un bu işi zaten yaptığını tanıdığı ve önceki başarılı çalıştırmanın sonucunu yeniden kullandığı anlamına gelir.

Ayrıca çalışma alt dizini hash'inin önceki çalıştırmayla aynı olduğunu görebilirsiniz. Nextflow kelimenin tam anlamıyla size önceki çalıştırmayı gösteriyor ve "Bunu zaten orada yaptım" diyor.

İpucu

Bir pipeline'ı resume ile yeniden çalıştırdığınızda, Nextflow daha önce başarıyla çalıştırılan çalıştırmalar tarafından çalışma dizininin dışında yayınlanan hiçbir dosyanın üzerine yazmaz.

4.2. Geçmiş çalıştırmaların logunu inceleyin

Bir nextflow workflow'u başlattığınızda, geçerli çalışma dizininde .nextflow adlı gizli bir dizin altında history adlı bir log dosyasına bir satır yazılır.

Dosya içeriği

2025-07-04 19:27:09	1.8s	wise_watson	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	a02c9c46-c3c7-4085-9139-d1b9b5b194c8	nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World'
2025-07-04 19:27:20	2.9s	spontaneous_blackwell	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	59a5db23-d83c-4c02-a54e-37ddb73a337e	nextflow run 1-hello.nf --input Bonjour
2025-07-04 19:27:31	1.8s	gigantic_yonath	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5acaa83a-6ad6-4509-bebc-cb25d5d7ddd0	nextflow run 1-hello.nf --input 'Dobry den'
2025-07-04 19:27:45	2.4s	backstabbing_swartz	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e	nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa
2025-07-04 19:27:57	2.1s	goofy_wilson	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e	nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa -resume

Bu dosya size geçerli çalışma dizininden başlatılan her Nextflow çalıştırması için zaman damgası, çalıştırma adı, durum, revizyon kimliği, oturum kimliği ve tam komut satırını verir.

Bu bilgilere erişmenin daha uygun bir yolu nextflow log komutunu kullanmaktır.

nextflow log

Komut çıktısı

TIMESTAMP               DURATION        RUN NAME                STATUS  REVISION ID     SESSION ID                              COMMAND
2025-07-04 19:27:09     1.8s            wise_watson             OK       3539118582     a02c9c46-c3c7-4085-9139-d1b9b5b194c8    nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World'
2025-07-04 19:27:20     2.9s            spontaneous_blackwell   OK       3539118582     59a5db23-d83c-4c02-a54e-37ddb73a337e    nextflow run 1-hello.nf --input Bonjour
2025-07-04 19:27:31     1.8s            gigantic_yonath         OK       3539118582     5acaa83a-6ad6-4509-bebc-cb25d5d7ddd0    nextflow run 1-hello.nf --input 'Dobry den'
2025-07-04 19:27:45     2.4s            backstabbing_swartz     OK       3539118582     5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e    nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa
2025-07-04 19:27:57     2.1s            goofy_wilson            OK       3539118582     5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e    nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa -resume

Bu, log dosyasının içeriğini bir başlık satırıyla zenginleştirerek terminale çıktı verecektir.

-resume seçeneğini kullanmıyorsanız, yeni bir nextflow run komutu çalıştırdığınızda oturum kimliğinin değiştiğini fark edeceksiniz. Bu durumda, oturum kimliği aynı kalır.

Nextflow, çalıştırma önbellekleme bilgilerini gruplamak için oturum kimliğini, ayrıca .nextflow altında bulunan cache dizini altında kullanır.

4.3. Eski çalışma dizinlerini silin

Çok sayıda pipeline çalıştırırsanız, birçok alt dizin boyunca çok sayıda dosya biriktirebilirsiniz. Alt dizinler rastgele adlandırıldığından, adlarından hangilerinin daha eski veya daha yeni çalıştırmalar olduğunu söylemek zordur.

Neyse ki Nextflow, artık umursamadığınız geçmiş çalıştırmalar için çalışma alt dizinlerini otomatik olarak silebilen yararlı bir clean alt komutu içerir.

4.3.1. Silme kriterlerini belirleyin

Neyin silineceğini belirlemek için birden fazla seçenek vardır.

Burada size belirli bir çalıştırmadan önceki tüm alt dizinleri silen bir örnek gösteriyoruz, çalıştırma adı kullanılarak belirtilir.

-resume kullanmadığınız en son başarılı çalıştırmayı bulun; bizim durumumuzda çalıştırma adı backstabbing_swartz idi.

Çalıştırma adı, Launching (...) konsol çıktı satırında köşeli parantezler içinde gösterilen makine tarafından oluşturulan iki parçalı dizedir. Ayrıca zaman damgası ve/veya komut satırına göre bir çalıştırmayı aramak için Nextflow logunu kullanabilirsiniz.

4.3.2. Kuru çalıştırma yapın

Önce, komut verildiğinde neyin silineceğini kontrol etmek için kuru çalıştırma bayrağı -n kullanıyoruz:

nextflow clean -before backstabbing_swartz -n

Komut çıktısı

Would remove /workspaces/training/hello-nextflow/work/eb/1a5de36637b475afd88fca7f79e024
Would remove /workspaces/training/hello-nextflow/work/6b/19b0e002ea13486d3a0344c336c1d0
Would remove /workspaces/training/hello-nextflow/work/45/9a6dd7ab771f93003d040956282883

Çıktınız farklı görev dizini adlarına sahip olacak ve farklı sayıda satır olabilir, ancak örneğe benzer görünmelidir.

Herhangi bir satır çıktı görmüyorsanız, ya geçerli bir çalıştırma adı sağlamadınız ya da silecek geçmiş çalıştırma yok. Örnek komuttaki backstabbing_swartz'ı loginizdeki ilgili en son çalıştırma adıyla değiştirdiğinizden emin olun.

4.3.3. Silme işlemine devam edin

Çıktı beklendiği gibi görünüyorsa ve silme işlemine devam etmek istiyorsanız, -n yerine -f bayrağıyla komutu yeniden çalıştırın:

nextflow clean -before backstabbing_swartz -f

Komut çıktısı

Removed /workspaces/training/hello-nextflow/work/eb/1a5de36637b475afd88fca7f79e024
Removed /workspaces/training/hello-nextflow/work/6b/19b0e002ea13486d3a0344c336c1d0
Removed /workspaces/training/hello-nextflow/work/45/9a6dd7ab771f93003d040956282883

Çıktı daha önceye benzer olmalı, ancak şimdi 'Would remove' yerine 'Removed' diyor. Bunun iki karakterli alt dizinleri (yukarıdaki eb/ gibi) kaldırmadığını, ancak içeriklerini boşalttığını unutmayın.

Uyarı

Geçmiş çalıştırmalardan çalışma alt dizinlerini silmek, onları Nextflow'un önbelleğinden kaldırır ve bu dizinlerde depolanan tüm çıktıları siler. Bu, Nextflow'un ilgili process'leri yeniden çalıştırmadan çalışmaya devam etme yeteneğini bozar.

Önemsediğiniz çıktıları kaydetmekten siz sorumlusunuz! Bu, publish direktifi için symlink modu yerine copy modunu tercih etmemizin ana nedenidir.

Özet

Aynı şekilde zaten çalıştırılmış adımları tekrarlamadan bir pipeline'ı nasıl yeniden başlatacağınızı, çalıştırma logunu nasıl inceleyeceğinizi ve eski çalışma dizinlerini temizlemek için nextflow clean komutunu nasıl kullanacağınızı biliyorsunuz.

Sırada ne var?

Biraz ara verin! Nextflow sözdiziminin ve temel kullanım talimatlarının yapı taşlarını yeni absorbe ettiniz.

Bu eğitimin bir sonraki bölümünde, Nextflow'un birden fazla girdiyi verimli bir şekilde işlemenize, birbirine bağlı birden fazla adımdan oluşan workflow'ları çalıştırmanıza, modüler kod bileşenlerinden yararlanmanıza ve daha fazla tekrar üretilebilirlik ve taşınabilirlik için konteynerları kullanmanıza nasıl izin verdiğini gösteren Hello World pipeline'ının art arda daha gerçekçi dört versiyonuna bakacağız.

---

Quiz

#

[a3/7be2fa] SAYHELLO | 1 of 1 ✔ konsol çıktı satırında [a3/7be2fa] neyi temsil eder?

Process versiyon numarası

Benzersiz bir çalıştırma tanımlayıcısı

Görevin çalışma dizinine kısaltılmış yol

Çıktı dosyasının sağlama toplamı

Daha fazla bilgi: 2.3. Orijinal çıktıyı ve logları work/ dizininde bulun

#

Görev dizinindeki .command.sh dosyasının amacı nedir?

Görevin yapılandırma ayarlarını saklar

Process tarafından yürütülen gerçek komutu gösterir

Başarısız görevlerden hata mesajlarını içerir

Görev için hazırlanan girdi dosyalarını listeler

Daha fazla bilgi: 2.3. Orijinal çıktıyı ve logları work/ dizininde bulun

#

-resume olmadan bir workflow'u yeniden çalıştırdığınızda yayınlanan sonuçlara ne olur?

Ayrı zaman damgalı dizinlerde korunurlar

Yeni çalıştırma tarafından üzerine yazılırlar

Nextflow üzerine yazmayı engeller ve başarısız olur

Otomatik olarak yedeklenirler

Daha fazla bilgi: 2.4. Workflow'u farklı selamlamalarla yeniden çalıştırın

#

Bu konsol çıktısı neyi gösterir?

[skipped  ] process > sayHello (1) [100%] 1 of 1, cached: 1 ✔

Görev başarısız oldu ve atlandı

Görev bir kuyrukta bekliyor

Nextflow önceki özdeş bir çalıştırmadan sonuçları yeniden kullandı

Görev manuel olarak iptal edildi

Daha fazla bilgi: 4.1. -resume ile bir workflow'u yeniden başlatın

#

nextflow log komutunun görüntülediği çalıştırma geçmişini Nextflow nerede saklar?

results dizininde

work dizininde

.nextflow/history dosyasında

nextflow.config dosyasında

Daha fazla bilgi: 4.2. Geçmiş çalıştırmaların logunu inceleyin

#

Bir workflow dosyasındaki params bloğunun amacı nedir?

Process kaynak gereksinimlerini tanımlamak

Executor'ı yapılandırmak

Workflow girdi parametrelerini bildirmek ve türünü belirlemek

Çıktı yayınlama seçeneklerini belirtmek

Daha fazla bilgi: 3.4. Komut satırı parametreleri için params sistemi

#

Workflow'un output bloğunda mode 'copy' ne yapar?

work dizininin bir yedeğini oluşturur

Sembolik bağlantılar yerine dosyaların tam kopyasını yapar

Workflow betiğini sonuçlara kopyalar

Artımlı dosya kopyalamayı etkinleştirir

Daha fazla bilgi: 3.5. publish direktifi

#

Dosyaları gerçekten silmeden önce nextflow clean komutuyla kullanılması önerilen bayrak nedir?

-n (kuru çalıştırma) neyin silineceğini önizlemek için

-v (ayrıntılı) ayrıntılı çıktı görmek için

-a (tümü) tüm dizinleri seçmek için

-q (sessiz) uyarıları bastırmak için

Daha fazla bilgi: 4.3. Eski çalışma dizinlerini silin