Kurs özeti¶
Yapay Zeka Destekli Çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri
Hello nf-core eğitim kursunu tamamladığınız için tebrikler! 🎉
Yolculuğunuz¶
Bir demo pipeline'ı almayı ve çalıştırmayı öğrenerek başladınız, ardından basit bir Nextflow workflow'unu bir nf-core pipeline'ına dönüştürme görevine girdiniz. Bir şablon kullanarak bir pipeline iskelesi oluşturmayı ve mevcut pipeline'ı bu iskeleye nasıl yerleştireceğinizi öğrendiniz. Daha sonra yerel modüllerden birini bir nf-core modülü ile değiştirerek, bir diğer yerel modülü nf-core standartlarına uyacak şekilde dönüştürerek ve girdi doğrulaması ekleyerek pipeline'ı kademeli olarak geliştirdiniz.
Oluşturduğunuz yapı¶
Final core-hello pipeline'ınız artık şunlara sahip:
- Standartlaştırılmış yapı: workflows, subworkflows, modüller ve yapılandırma için düzenlenmiş dizinler içeren nf-core şablonu kullanıyor
- Topluluk modülleri: nf-core deposundan (
cat/cat) özel modüllerinizin yanı sıra - Kapsamlı doğrulama: pipeline çalışmadan önce hem parametreleri hem de girdi verilerini kontrol ediyor
- Profesyonel yapılandırma: farklı çalıştırma ortamları için profiller içeriyor
- Eksiksiz dokümantasyon: nf-core kurallarına uygun meta veriler
Kazanılan temel beceriler¶
Bu uygulamalı kurs boyunca şunları öğrendiniz:
- Mevcut bir pipeline'ı inceleyerek nf-core pipeline yapısında gezinme ve anlama
- Workflow'ları yeniden yapılandırma: birleştirilebilir hale getirme ve nf-core şablonuna uygun hale getirme
- Topluluk deposundan önceden oluşturulmuş modülleri bulma ve entegre etme
- nf-core standartlarına uygun olarak adlandırma, yapı ve meta veriler için özel modüller oluşturma
- nf-schema kullanarak hataları erken yakalamak ve net geri bildirim sağlamak için doğrulama uygulama
Artık topluluk en iyi uygulamalarını takip eden, üretime hazır nf-core pipeline'ları oluşturmak için temel bilgiye sahipsiniz.
Becerilerinizi geliştirmek için sonraki adımlar¶
Sırada ne yapabileceğinize dair en iyi 3 önerimiz:
- Nextflow for Science ile Nextflow'u bilimsel bir analiz kullanım senaryosuna uygulayın
- Side Quests ile daha gelişmiş Nextflow özelliklerini keşfedin
- nf-core topluluğuna katılarak katkıda bulunun.
Son olarak, Nextflow'un yaratıcıları tarafından geliştirilen bulut tabanlı bir platform olan Seqera Platform'a göz atmanızı öneririz. Bu platform, workflow'larınızı başlatmayı ve yönetmeyi, verilerinizi yönetmeyi ve herhangi bir ortamda etkileşimli olarak analiz çalıştırmayı daha da kolaylaştırır.
Geri bildirim anketi¶
Devam etmeden önce, lütfen kurs anketini tamamlamak için bir dakikanızı ayırın! Geri bildiriminiz, eğitim materyallerimizi herkes için geliştirmemize yardımcı olur.