Orientação¶

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

O ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar neste curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, você precisa de uma conta (gratuita) para fazer login, e deve dedicar alguns minutos para se familiarizar com a interface.

Se você ainda não o fez, por favor siga este link antes de prosseguir.

Materiais fornecidos¶

Ao longo deste curso de treinamento, trabalharemos no diretório nf4-science/genomics/, para o qual você precisa se mover quando abrir o workspace de treinamento. Este diretório contém todos os arquivos de código, dados de teste e arquivos acessórios que você precisará.

Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usar o explorador de arquivos no lado esquerdo do workspace de treinamento na interface do VSCode. Alternativamente, você pode usar o comando tree. Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice de conteúdo até o segundo nível:

tree . -L 2

Se você executar isso dentro de nf4-science/genomics, você deverá ver a seguinte saída:

Conteúdo do diretório

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   ├── sample_bams.txt
│   └── samplesheet.csv
├── genomics-1.nf
├── genomics-2.nf
├── genomics-3.nf
├── genomics-4.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── modules
    ├── nf-test.config
    └── tests

6 directories, 8 files

Nota

Não se preocupe se isso parecer muito; vamos passar pelas partes relevantes em cada etapa do curso. Isso é apenas para dar uma visão geral.

Aqui está um resumo do que você deve saber para começar:

Os arquivos .nf são scripts de fluxo de trabalho que são nomeados com base em qual parte do curso eles são usados.
O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.
O diretório data contém dados de entrada e recursos relacionados, descritos posteriormente no curso.
O diretório solutions contém arquivos de módulo e configurações de teste que resultam das Partes 3 e 4 do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas.

Dica

Se por qualquer motivo você sair deste diretório, você sempre pode executar este comando para retornar a ele:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

Agora, para começar o curso, clique na seta no canto inferior direito desta página.