Resumo do curso

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Parabéns por concluir o curso de treinamento Nextflow Run! 🎉

Sua jornada

Você começou com um fluxo de trabalho muito básico e aprendeu a executá-lo, encontrar as saídas e gerenciar sua execução. Então, você trabalhou através de versões cada vez mais complexas daquele fluxo de trabalho e aprendeu a reconhecer os conceitos e mecanismos essenciais que alimentam os pipelines Nextflow, incluindo canais e operadores, modularização de código e contêineres. Finalmente, você aprendeu como personalizar a configuração de um pipeline para se adequar às suas preferências e sua infraestrutura computacional.

O que você aprendeu

Você agora é capaz de gerenciar a execução do pipeline Hello, descrever como ele está estruturado e identificar as principais peças de código envolvidas.

• A forma final do fluxo de trabalho Hello recebe como entrada um arquivo CSV contendo saudações de texto.
• As quatro etapas são implementadas como processos Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings e cowpy) armazenados em arquivos de módulo separados.
• Os resultados são publicados em um diretório chamado results/.
• A saída final do pipeline é um arquivo de texto simples contendo arte ASCII de um personagem dizendo as saudações em maiúsculas.

1. sayHello: Escreve cada saudação em seu próprio arquivo de saída (ex. "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Converte cada saudação para maiúsculas (ex. "HELLO")
3. collectGreetings: Coleta todas as saudações em maiúsculas em um único arquivo de lote
4. cowpy: Gera arte ASCII usando a ferramenta cowpy

A configuração do fluxo de trabalho suporta fornecer entradas e parâmetros de forma flexível e reproduzível.

Habilidades adquiridas

Através deste curso prático, você aprendeu como:

• Iniciar um fluxo de trabalho Nextflow localmente
• Encontrar e interpretar saídas (resultados) e arquivos de log gerados pelo Nextflow
• Reconhecer os componentes principais do Nextflow que constituem um fluxo de trabalho simples de múltiplas etapas
• Descrever conceitos de próximos passos como operadores e fábricas de canal
• Configurar pipelines para diferentes ambientes de computação

Você agora está equipado com o conhecimento fundamental para começar a integrar pipelines Nextflow existentes em seu próprio trabalho.

Próximos passos para construir suas habilidades

Aqui estão nossas principais sugestões do que fazer a seguir:

• Não apenas execute Nextflow, escreva! Torne-se um desenvolvedor Nextflow com Hello Nextflow
• Aplique Nextflow a um caso de uso de análise científica com Nextflow for Science
• Comece com nf-core com Hello nf-core
• Aprenda técnicas de solução de problemas com a Side Quest de Debugging

Finalmente, recomendamos que você dê uma olhada na Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que torna ainda mais fácil lançar e gerenciar seus fluxos de trabalho, bem como gerenciar seus dados e executar análises interativamente em qualquer ambiente.

Obtendo ajuda

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