Primeiros passos

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Inicie um ambiente de treinamento

Para usar o ambiente pré-construído que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, veja Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique direito, ctrl-clique ou cmd-clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Noções básicas do ambiente

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de sistema de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, a menos que especificado de outra forma.

Se você está fazendo este curso sozinho, por favor familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão

Este treinamento é projetado para Nextflow 25.10.2 ou posterior com o parser de sintaxe v2 HABILITADO. Se você está usando um ambiente local ou personalizado, certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar

Uma vez que seu codespace esteja rodando, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Defina o diretório de trabalho

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho definido na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório nextflow-run/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd nextflow-run/

Você pode configurar o VSCode para focar neste diretório, para que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por qualquer razão você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace adormecer), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que está executando dentro do ambiente de treinamento do GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/nextflow-run

Agora vamos dar uma olhada no conteúdo.

Explore os materiais fornecidos

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Alternativamente, você pode usar o comando tree.

Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e conteúdo de diretórios de forma legível, às vezes com pequenas modificações para clareza.

Aqui geramos uma tabela de conteúdo até o segundo nível:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── 1-hello.nf
├── 2a-inputs.nf
├── 2b-multistep.nf
├── 2c-modules.nf
├── 2d-container.nf
├── 3-main.nf
├── data
│   └── greetings.csv
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 3-main.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para exibir a saída esperada de comandos, bem como conteúdo de diretórios e arquivos de forma concisa.

• Os arquivos .nf são scripts de fluxo de trabalho numerados com base na parte do curso em que são usados.

• O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.

• O arquivo greetings.csv em data/ contém dados de entrada que usaremos na maior parte do curso. Ele é descrito na Parte 2 (Executar pipelines), quando o introduzimos pela primeira vez.

• Os arquivos test-params.* são arquivos de configuração que usaremos na Parte 3 (Configuração). Você pode ignorá-los por enquanto.

• O diretório solutions contém o estado final do fluxo de trabalho e seus arquivos acessórios (config e módulos) que resultam da conclusão do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas.

Lista de verificação de prontidão

Acha que está pronto para mergulhar?

• Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
• Meu ambiente está funcionando
• Eu defini meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para Parte 1: Operações Básicas de Execução, clique na seta no canto inferior direito desta página.