Primeiros Passos¶

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Iniciar um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-construído que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique-direito, ctrl+clique ou cmd+clique dependendo do seu equipamento) para que você possa continuar lendo enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Básico do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de sistema de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, salvo especificação em contrário.

Se você está trabalhando neste curso por conta própria, por favor familiarize-se com o básico do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este treinamento é projetado para Nextflow 25.10.2 ou posterior com o analisador de sintaxe v2 DESABILITADO.

Se você está usando nosso ambiente de treinamento:¶

Você DEVE executar o seguinte comando antes de prosseguir:

export NXF_SYNTAX_PARSER=v1

Se você está usando um ambiente local ou personalizado:¶

Por favor certifique-se de que está usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

O treinamento adicionalmente requer nf-core tools 3.4.1. Se você usar uma versão diferente das ferramentas nf-core, você pode ter dificuldades em acompanhar.

Você pode verificar qual versão está instalada em seu ambiente usando o comando nf-core --version.

Prepare-se para trabalhar¶

Uma vez que seu codespace esteja executando, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: configurar seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Configurar o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho configurado na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório hello-nf-core/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd hello-nf-core/

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em modo de espera), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando isto dentro do ambiente de treinamento GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Agora vamos dar uma olhada no conteúdo deste diretório.

Explorar os materiais fornecidos¶

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Alternativamente, você pode usar o comando tree.

Durante o curso, usamos a saída de tree para representar a estrutura e conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice até o segundo nível:

tree . -L 2

Conteúdo do diretório

.
├── greetings.csv
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para incluir a saída esperada de comandos de forma concisa.

O arquivo greetings.csv é um CSV contendo alguns dados colunares mínimos que usamos para fins de teste.
O diretório original-hello contém uma cópia do código fonte produzido ao trabalhar na série completa de treinamento Hello Nextflow (com Docker habilitado).
O diretório solutions contém os scripts de fluxo de trabalho completos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para mergulhar?

Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está ativo e funcionando
Eu me certifiquei de que o analisador de sintaxe está configurado para v1
Eu configurei meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, você está pronto para começar.

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