Hello Nextflowcourse¶
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Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Hello Nextflow é uma introdução prática à construção de fluxos de trabalho de análise de dados reproduzíveis e escaláveis.
Trabalhando através de exemplos práticos e exercícios guiados, você aprenderá os fundamentos do desenvolvimento de pipelines com Nextflow, incluindo como definir processos, conectá-los em pipelines, gerenciar arquivos e dependências de software, paralelizar a execução sem esforço e executar fluxos de trabalho em diferentes ambientes computacionais.
Você sairá com as habilidades e a confiança para começar a desenvolver e executar seus próprios fluxos de trabalho com Nextflow.
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Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Iniciar e gerenciar a execução de fluxos de trabalho Nextflow
- Encontrar e interpretar saídas (resultados) e arquivos de log gerados pelo Nextflow
- Solucionar problemas básicos
- Construir um fluxo de trabalho simples de múltiplas etapas a partir de componentes principais do Nextflow
- Distinguir entre tipos essenciais de fábricas de canais e operadores e utilizá-los efetivamente em um fluxo de trabalho simples
- Configurar a execução de pipelines para rodar em plataformas de computação comuns, incluindo HPC e nuvem
- Aplicar boas práticas para reprodutibilidade, portabilidade e reutilização de código que tornam pipelines FAIR, incluindo modularidade de código e contêineres de software
Público e pré-requisitos
- Público: Este curso é destinado a pessoas que são completamente novas no Nextflow e desejam desenvolver seus próprios pipelines.
- Habilidades: Presume-se alguma familiaridade com a linha de comando, conceitos básicos de script e formatos de arquivo comuns.
- Domínio: Os exercícios são todos agnósticos de domínio, portanto não é necessário conhecimento científico prévio.
Vídeos do curso
Vídeos estão disponíveis para cada capítulo, com um instrutor trabalhando nos exercícios. O vídeo de cada parte do curso está incorporado no topo da página correspondente.
Visão geral do curso¶
Este curso é projetado para ser prático, com exercícios orientados a objetivos estruturados para introduzir informações gradualmente.
Você desenvolverá um pipeline simples do Nextflow que recebe algumas entradas de texto, executa algumas etapas de transformação e gera um único arquivo de texto contendo uma figura ASCII de um personagem dizendo o texto transformado.
Plano de aula¶
Para evitar sobrecarregá-lo com conceitos e código, dividimos isso em seis partes que focarão em aspectos específicos do desenvolvimento de pipelines com Nextflow.
| Capítulo do curso | Resumo | Duração estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Hello World | Componentes básicos e princípios envolvidos na montagem e execução de um fluxo de trabalho Nextflow | 30 mins |
| Parte 2: Hello Channels | Usando canais e operadores para processar entradas e paralelizar a execução sem esforço | 45 mins |
| Parte 3: Hello Workflow | Usando canais para encadear múltiplas etapas juntas e lidar com a transferência de dados entre etapas | 60 mins |
| Parte 4: Hello Modules | Aplicando princípios de modularidade de código para aumentar a reutilização e diminuir a carga de manutenção | 20 mins |
| Parte 5: Hello Containers | Usando contêineres como um mecanismo para gerenciar dependências de software e aumentar a reprodutibilidade | 60 mins |
| Parte 6: Hello Config | Personalizando o comportamento do pipeline e otimizando o uso em diferentes ambientes computacionais | 60 mins |
Ao final deste curso, você estará bem preparado para enfrentar os próximos passos em sua jornada para desenvolver fluxos de trabalho reproduzíveis para suas necessidades de computação científica.
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