Nextflow dla RNAseq

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Ten kurs szkoleniowy jest przeznaczony dla badaczy w dziedzinie transkryptomiki i pokrewnych obszarów, którzy są zainteresowani tworzeniem lub dostosowywaniem pipeline'ów analizy danych. Opiera się on na szkoleniu dla początkujących Hello Nextflow i demonstruje, jak używać Nextflow w konkretnym kontekście analizy masowego RNAseq.

W szczególności, ten kurs pokazuje, jak zaimplementować prosty pipeline przetwarzania masowego RNAseq do przycinania sekwencji adapterów, dopasowywania odczytów do genomu referencyjnego i przeprowadzania kontroli jakości (QC) na kilku etapach.

Zacznijmy! Kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej, aby uruchomić środowisko szkoleniowe (najlepiej w osobnej karcie), a następnie kontynuuj czytanie podczas ładowania.

Cele szkoleniowe

Przechodząc przez ten kurs, nauczysz się, jak zastosować podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow do typowego przypadku użycia RNAseq.

Pod koniec tego warsztatu będziesz w stanie:

• Napisać liniowy workflow do zastosowania podstawowych metod przetwarzania i QC dla RNAseq
• Odpowiednio obsługiwać pliki specyficzne dla dziedziny, takie jak FASTQ i zasoby genomu referencyjnego
• Obsługiwać dane sekwencjonowania single-end i paired-end
• Wykorzystać paradygmat przepływu danych Nextflow do zrównoleglenia przetwarzania RNAseq na poziomie próbek
• Agregować raporty QC z wielu etapów i próbek przy użyciu odpowiednich operatorów kanałów

Wymagania wstępne

Kurs zakłada minimalną znajomość następujących zagadnień:

• Narzędzia i formaty plików powszechnie używane w tej dziedzinie naukowej
• Doświadczenie z linią poleceń
• Podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow omówione w szkoleniu dla początkujących Hello Nextflow

Aby zapoznać się z wymaganiami technicznymi i konfiguracją środowiska, zobacz mini-kurs Environment Setup.