Orientacja¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Ta orientacja zakłada, że już otworzyłeś środowisko szkoleniowe, klikając przycisk "Open in GitHub Codespaces". Jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś, zrób to teraz, najlepiej w drugim oknie lub karcie przeglądarki, abyś mógł wrócić do tych instrukcji.
Wymagania dotyczące rozmiaru maszyny
Upewnij się, że wybierasz maszynę 8-rdzeniową podczas tworzenia Codespace dla tego kursu szkoleniowego. Workflow'e bioimagingu wymagają dodatkowych zasobów obliczeniowych.
GitHub Codespaces¶
Środowisko GitHub Codespaces zawiera wszystkie oprogramowanie, kod i dane niezbędne do pracy z tym kursem szkoleniowym, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie. Jednak potrzebujesz (bezpłatnego) konta GitHub, aby się zalogować, a jeśli nie znasz interfejsu, powinieneś poświęcić kilka minut na zapoznanie się z nim, przechodząc mini-kurs GitHub Codespaces Orientation.
Wstępne pobieranie obrazów Docker¶
Gdy już otworzysz Swój Codespace, pobierzmy wstępnie wszystkie obrazy Docker, których będziemy potrzebować do tego kursu szkoleniowego. Zaoszczędzi to czas później i zapewni płynne wykonywanie workflow'ów.
Otwórz nową kartę terminala i uruchom następujące polecenie:
To polecenie pobierze wszystkie niezbędne obrazy Docker w tle. Możesz kontynuować resztę orientacji, podczas gdy to się wykonuje.
Tip
Flaga -stub pozwala na szybkie uruchomienie pipeline'u bez przetwarzania rzeczywistych danych, co jest idealne do pobierania obrazów. Możesz monitorować postęp w karcie terminala.
Katalog roboczy¶
Przez cały ten kurs szkoleniowy będziemy pracować w katalogu nf4-science/imaging/.
Zmień teraz katalog, uruchamiając to polecenie w terminalu:
Tip
Jeśli z jakiegokolwiek powodu opuścisz ten katalog, zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić, zakładając, że pracujesz w środowisku szkoleniowym GitHub Codespaces:
Teraz, aby rozpocząć kurs, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.