Orientacja

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Środowisko szkoleniowe zawiera wszystkie oprogramowanie, kod i dane niezbędne do pracy z tym kursem szkoleniowym, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie. Jednakże potrzebujesz (bezpłatnego) konta, aby się zalogować, i powinieneś/powinnaś poświęcić kilka minut na zapoznanie się z interfejsem.

Jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś/zrobiłaś, skorzystaj z tego linku przed dalszym przejściem.

Dostarczone materiały

Przez cały kurs szkoleniowy będziemy pracować w katalogu nf4-science/genomics/, do którego musisz przejść po otwarciu przestrzeni roboczej szkolenia. Ten katalog zawiera wszystkie pliki kodu, dane testowe i pliki pomocnicze, których będziesz potrzebować.

Możesz swobodnie eksplorować zawartość tego katalogu; najłatwiejszym sposobem jest użycie eksploratora plików po lewej stronie przestrzeni roboczej szkolenia w interfejsie VSCode. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree. W trakcie kursu używamy wyjścia z tree do przedstawienia struktury i zawartości katalogów w czytelnej formie, czasami z niewielkimi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w dół:

tree . -L 2

Jeśli uruchomisz to wewnątrz nf4-science/genomics, powinieneś/powinnaś zobaczyć następujące wyjście:

Zawartość katalogu

.
├── data
│   ├── bam
│   ├── ref
│   ├── sample_bams.txt
│   └── samplesheet.csv
├── genomics-1.nf
├── genomics-2.nf
├── genomics-3.nf
├── genomics-4.nf
├── nextflow.config
└── solutions
    ├── modules
    ├── nf-test.config
    └── tests

6 directories, 8 files

Uwaga

Nie martw się, jeśli wydaje się to dużo; przejdziemy przez odpowiednie elementy na każdym etapie kursu. Ma to na celu jedynie dać Ci przegląd.

Oto podsumowanie tego, co powinieneś wiedzieć, aby rozpocząć:

• Pliki .nf to skrypty workflow'u, które są nazwane na podstawie tego, w jakiej części kursu są używane.

• Plik nextflow.config to plik konfiguracyjny, który ustawia minimalne właściwości środowiska. Na razie możesz go zignorować.

• Katalog data zawiera dane wejściowe i powiązane zasoby, opisane później w kursie.

• Katalog solutions zawiera pliki modułów i konfiguracje testów, które są wynikiem części 3 i 4 kursu. Są przeznaczone do użycia jako punkt odniesienia do sprawdzenia Twojej pracy i rozwiązywania problemów.

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu, zawsze możesz uruchomić to polecenie, aby do niego wrócić:

cd /workspaces/training/nf4-science/genomics

Teraz, aby rozpocząć kurs, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.