Nextflow dla Genomiki¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Ten kurs szkoleniowy jest przeznaczony dla badaczy w dziedzinie genomiki i pokrewnych obszarów, którzy są zainteresowani tworzeniem lub dostosowywaniem pipeline'ów analizy danych. Opiera się na Hello Nextflow – szkoleniu dla początkujących i demonstruje, jak używać Nextflow w specyficznym kontekście dziedziny genomiki.
W szczególności, ten kurs demonstruje, jak zaimplementować prosty pipeline wykrywania wariantów z GATK (Genome Analysis Toolkit), szeroko stosowanym pakietem oprogramowania do analizy danych z sekwencjonowania wysokoprzepustowego.
Zaczynajmy! Kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej, aby uruchomić środowisko szkoleniowe (najlepiej w oddzielnej karcie), a następnie czytaj dalej, podczas gdy się ładuje.
Cele szkoleniowe¶
Przechodząc przez ten kurs, nauczysz się, jak stosować podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow do typowego przypadku użycia w genomice.
Pod koniec tego warsztatu będziesz w stanie:
- Napisać liniowy workflow do wykrywania wariantów dla pojedynczej próbki
- Odpowiednio obsługiwać pliki pomocnicze, takie jak pliki indeksów i zasoby genomu referencyjnego
- Wykorzystać paradygmat przepływu danych Nextflow do zrównoleglenia wykrywania wariantów dla poszczególnych próbek
- Zaimplementować wykrywanie wariantów dla wielu próbek, używając odpowiednich operatorów kanałów
- Zaimplementować testy pipeline'u dla poszczególnych kroków i całościowe, które odpowiednio obsługują specyficzne dla genomiki osobliwości
Wymagania wstępne¶
Kurs zakłada minimalną znajomość następujących zagadnień:
- Narzędzia i formaty plików powszechnie używane w tej dziedzinie naukowej
- Doświadczenie z wierszem poleceń
- Podstawowe koncepcje i narzędzia Nextflow omówione w Hello Nextflow – szkoleniu dla początkujących.
Aby zapoznać się z wymaganiami technicznymi i konfiguracją środowiska, zobacz mini-kurs Konfiguracja Środowiska.