Podsumowanie kursu¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Gratulacje ukończenia kursu szkoleniowego Hello nf-core! 🎉
Twoja droga¶
Zacząłeś od nauki pobierania i uruchamiania demonstracyjnego pipeline'a, a następnie zajęłeś się konwersją prostego workflow'u Nextflow na projekt nf-core. Nauczyłeś się tworzyć szkielet przy użyciu szablonu i przeszczepiać istniejący kod na tę strukturę. Następnie stopniowo udoskonalałeś pipeline, zastępując jeden z lokalnych modułów modułem nf-core, przekształcając kolejny z lokalnych modułów tak, aby odpowiadał standardom nf-core, i dodając walidację wejścia.
Co zbudowałeś¶
Twój końcowy pipeline core-hello ma teraz:
- Ustandaryzowaną strukturę wykorzystującą szablon nf-core z uporządkowanymi katalogami dla workflow'ów, subworkflow'ów, modułów i konfiguracji
- Moduły społecznościowe z repozytorium nf-core (
cat/cat) obok Twoich niestandardowych modułów - Kompleksową walidację, która sprawdza zarówno parametry, jak i dane wejściowe przed uruchomieniem pipeline
- Profesjonalną konfigurację z profilami dla różnych środowisk wykonawczych
- Kompletną dokumentację i metadane zgodne z konwencjami nf-core
Nabyte kluczowe umiejętności¶
Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:
- Nawigować i rozumieć strukturę pipeline'a nf-core, eksplorując istniejący pipeline
- Restrukturyzować workflows, aby były kompatybilne i pasowały do szablonu nf-core
- Znajdować i integrować gotowe moduły z repozytorium społecznościowego
- Tworzyć niestandardowe moduły zgodnie ze standardami nf-core dotyczącymi nazewnictwa, struktury i metadanych
- Implementować walidację przy użyciu nf-schema, aby wcześnie wychwytywać błędy z jasnymi komunikatami
Jesteś teraz wyposażony w podstawową wiedzę, aby budować gotowe do produkcji pipeline'y nf-core, które przestrzegają najlepszych praktyk społeczności.
Kolejne kroki rozwoju umiejętności¶
Oto nasze 3 najlepsze sugestie, co zrobić dalej:
- Zastosuj Nextflow do naukowego przypadku analizy z Nextflow for Science
- Poznaj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow dzięki Side Quests
- Zaangażuj się, dołączając do społeczności nf-core.
Na koniec zalecamy zapoznanie się z Seqera Platform, platformą chmurową opracowaną przez twórców Nextflow, która ułatwia uruchamianie i zarządzanie Twoimi workflow'ami, a także zarządzanie danymi i przeprowadzanie analiz interaktywnie w dowolnym środowisku.
Ankieta opinii¶
Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać nasze materiały szkoleniowe dla wszystkich.