Hello nf-corecourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Hello nf-core to praktyczne wprowadzenie do korzystania z zasobów i najlepszych praktyk nf-core.
Pracując nad praktycznymi przykładami i prowadzonymi ćwiczeniami, nauczysz się używać i rozwijać moduły i pipeline'y kompatybilne z nf-core oraz efektywnie wykorzystywać narzędzia nf-core.
Wyniesiesz umiejętności i pewność siebie, aby zacząć rozwijać pipeline'y zgodnie z najlepszymi praktykami nf-core.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Pobierać, uruchamiać i zarządzać wykonywaniem pipeline'ów nf-core
- Opisywać strukturę kodu i organizację projektów pipeline'ów nf-core
- Tworzyć podstawowy pipeline kompatybilny z nf-core na podstawie szablonu
- Uaktualniać prosty workflow Nextflow do standardów nf-core
- Dodawać moduły nf-core do pipeline'u kompatybilnego z nf-core
- Współtworzyć własne moduły dla nf-core
- Walidować dane wejściowe i parametry przy użyciu narzędzi nf-core
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które są już zaznajomione z podstawami Nextflow i chcą nauczyć się korzystać z zasobów i najlepszych praktyk nf-core.
- Umiejętności: Zakłada się znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowania oraz popularnych formatów plików.
- Kursy: Wymagane jest ukończenie kursu Hello Nextflow lub równoważnego.
- Dziedzina: Wszystkie ćwiczenia są niezależne od dziedziny, więc nie jest wymagana wcześniejsza wiedza naukowa.
Przegląd kursu¶
Ten kurs został zaprojektowany jako praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cel, ustrukturyzowanymi tak, aby stopniowo wprowadzać informacje.
Zostaniesz zapoznany z nf-core, inicjatywą społeczności mającą na celu rozwój i utrzymanie wyselekcjonowanego zestawu naukowych pipeline'ów zbudowanych przy użyciu Nextflow, a także odpowiednich narzędzi i wytycznych promujących otwartą współpracę, testowanie i przeglądy kodu (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025)).
Pipeline'y opracowane przez społeczność nf-core zostały zaprojektowane jako modułowe, skalowalne i przenośne, pozwalając badaczom na łatwe dostosowanie i wykonanie ich przy użyciu własnych danych i zasobów obliczeniowych. Wytyczne dotyczące najlepszych praktyk egzekwowane przez projekt dodatkowo zapewniają, że te rozwiązania są niezawodne, dobrze udokumentowane i zwalidowane na rzeczywistych zestawach danych. Pomaga to zwiększyć niezawodność i odtwarzalność analiz naukowych i ostatecznie umożliwia badaczom przyspieszenie ich odkryć naukowych.
Nie omówimy wszystkiego, co można wiedzieć o pipeline'ach nf-core w tym kursie, ponieważ nf-core obejmuje wiele funkcji i konwencji opracowanych przez społeczność przez lata. Zamiast tego skupimy się na podstawowych koncepcjach, które pomogą Ci zacząć i zrozumieć, jak działa nf-core.
Plan lekcji¶
Podzieliliśmy to na pięć części, z których każda skupi się na określonych aspektach korzystania z zasobów nf-core.
| Rozdział kursu | Podsumowanie | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Uruchomienie demo pipeline'a | Uruchomienie istniejącego pipeline'a nf-core i zbadanie jego struktury kodu, aby uzyskać wyobrażenie o tym, co wyróżnia te pipeline'y od podstawowych workflow'ów Nextflow | 30 min |
| Część 2: Przepisanie Hello dla nf-core | Dostosowanie istniejącego workflow'u do szkieletu szablonu nf-core, zaczynając od prostego workflow'u utworzonego w kursie Hello Nextflow | 60 min |
| Część 3: Użycie modułu nf-core | Eksploracja biblioteki modułów społeczności i nauka integrowania gotowych, przetestowanych modułów opakowujących popularne narzędzia bioinformatyczne | 30 min |
| Część 4: Stworzenie modułu nf-core | Tworzenie własnego modułu w stylu nf-core przy użyciu określonej struktury, konwencji nazewnictwa i wymagań dotyczących metadanych ustanowionych przez nf-core | 30 min |
| Część 5: Dodanie walidacji wejścia | Implementacja walidacji wejścia zarówno dla parametrów wiersza poleceń, jak i plików danych wejściowych przy użyciu nf-schema | 30 min |
Pod koniec tego kursu będziesz w stanie wykorzystać ogromne bogactwo zasobów oferowanych przez projekt nf-core.
Gotowy rozpocząć kurs?