Rozpoczęcie pracy

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Uruchom środowisko szkoleniowe

Aby użyć prekonfigurowanego środowiska, które udostępniamy na GitHub Codespaces, kliknij przycisk "Open in GitHub Codespaces" poniżej. Inne opcje znajdziesz w Opcjach środowiska.

Zalecamy otwarcie środowiska szkoleniowego w nowej karcie lub oknie przeglądarki (użyj prawego przycisku myszy, ctrl-click lub cmd-click w zależności od sprzętu), abyś mógł czytać dalej podczas ładowania środowiska. Będziesz musiał trzymać te instrukcje otwarte równolegle, aby pracować z kursem.

Podstawy środowiska

To środowisko szkoleniowe zawiera całe oprogramowanie, kod i dane niezbędne do pracy z kursem szkoleniowym, więc nie musisz niczego instalować samodzielnie.

Codespace jest skonfigurowany z interfejsem VSCode, który obejmuje eksplorator systemu plików, edytor kodu i powłokę terminala. Wszystkie instrukcje podane podczas kursu (np. 'otwórz plik', 'edytuj kod' lub 'uruchom to polecenie') odnoszą się do tych trzech części interfejsu VSCode, chyba że zaznaczono inaczej.

Jeśli pracujesz z tym kursem samodzielnie, zapoznaj się z podstawami środowiska, aby uzyskać więcej szczegółów.

Wymagania wersji

To szkolenie jest zaprojektowane dla Nextflow 25.10.2 lub nowszego z WŁĄCZONYM parserem składni v2. Jeśli używasz lokalnego lub niestandardowego środowiska, upewnij się, że używasz prawidłowych ustawień, jak udokumentowano tutaj.

Przygotuj się do pracy

Po uruchomieniu codespace musisz wykonać dwie czynności: ustawić katalog roboczy dla tego konkretnego kursu i przejrzeć dostarczone materiały.

Ustaw katalog roboczy

Domyślnie codespace otwiera się z główną lokalizacją wszystkich kursów szkoleniowych jako katalogiem roboczym, ale tym razem będziemy pracować w hello-nextflow/.

Zmień teraz katalog, uruchamiając to polecenie w terminalu:

cd hello-nextflow/

Możesz ustawić VSCode, aby skupił się na tym katalogu, tak aby w pasku bocznym eksploratora plików wyświetlały się tylko odpowiednie pliki:

code .

Wskazówka

Jeśli z jakiegokolwiek powodu wyjdziesz z tego katalogu (np. Twój codespace przejdzie w stan uśpienia), zawsze możesz użyć pełnej ścieżki, aby do niego wrócić, zakładając, że uruchamiasz to w środowisku szkoleniowym GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Teraz przyjrzyjmy się zawartości.

Przeglądaj dostarczone materiały

Możesz przeglądać zawartość tego katalogu za pomocą eksploratora plików po lewej stronie przestrzeni roboczej szkolenia. Alternatywnie możesz użyć polecenia tree.

W trakcie kursu używamy wyjścia tree do reprezentowania struktury katalogów i zawartości w czytelnej formie, czasami z drobnymi modyfikacjami dla przejrzystości.

Tutaj generujemy spis treści do drugiego poziomu w głąb:

tree . -L 2

Zawartość katalogu

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Kliknij na kolorowe pole, aby rozwinąć sekcję i zobaczyć jej zawartość. Używamy takich rozwijanych sekcji, aby zwięźle włączać oczekiwane wyjście poleceń.

• Pliki .nf to skrypty workflow'ów nazwane na podstawie części kursu, w której są używane.

• Plik nextflow.config to plik konfiguracyjny, który ustawia minimalne właściwości środowiska. Na razie możesz go zignorować.

• Plik greetings.csv w data/ zawiera dane wejściowe, których użyjemy w większości kursu. Jest opisany w Części 2 (Channels), kiedy wprowadzamy go po raz pierwszy.

• Pliki test-params.* to pliki konfiguracyjne, których użyjemy w Części 6 (Configuration). Na razie możesz je zignorować.

• Katalog solutions zawiera ukończone skrypty workflow'ów, które są wynikiem każdego etapu kursu. Służą jako odniesienie do weryfikacji Swojej pracy i rozwiązywania problemów.

Lista kontrolna gotowości

Myślisz, że jesteś gotowy do zanurzenia się?

• Rozumiem cel tego kursu i jego wymagania wstępne
• Moje środowisko jest uruchomione
• Ustawiłem odpowiednio Swój katalog roboczy

Jeśli możesz zaznaczyć wszystkie pola, możesz zaczynać.

Aby przejść do Części 1: Hello World, kliknij strzałkę w prawym dolnym rogu tej strony.