Hello Nextflowcourse¶
-
Podsumowanie kursu
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Hello Nextflow to praktyczne wprowadzenie do budowania powtarzalnych i skalowalnych workflow'ów analizy danych.
Pracując z praktycznymi przykładami i prowadzonymi ćwiczeniami, poznasz podstawy tworzenia pipeline'ów w Nextflow, w tym jak definiować procesy, łączyć je w pipeline'y, zarządzać plikami i zależnościami oprogramowania, bez wysiłku równolegle wykonywać zadania i uruchamiać workflow'y w różnych środowiskach obliczeniowych.
Wyniesiesz umiejętności i pewność siebie, aby zacząć tworzyć i uruchamiać własne workflow'y w Nextflow.
-
Dodatkowe informacje
Wymagania techniczne
Będziesz potrzebować konta GitHub LUB lokalnej instalacji Nextflow'a. Szczegóły znajdziesz w Opcjach środowiska.
Cele szkoleniowe
- Uruchamianie i zarządzanie wykonywaniem workflow'ów Nextflow
- Znajdowanie i interpretowanie wyjść (wyników) i plików dziennika generowanych przez Nextflow
- Rozwiązywanie podstawowych problemów
- Budowanie prostego wieloetapowego workflow'u z podstawowych komponentów Nextflow
- Rozróżnianie między podstawowymi typami fabryk kanałów i operatorów oraz efektywne ich wykorzystywanie w prostym workflow'ie
- Konfigurowanie wykonywania pipeline'u do uruchamiania na popularnych platformach obliczeniowych, w tym HPC i chmurze
- Stosowanie najlepszych praktyk dotyczących powtarzalności, przenośności i ponownego wykorzystania kodu, które czynią pipeline'y FAIR, w tym modularność kodu i kontenery oprogramowania
Odbiorcy i wymagania wstępne
- Odbiorcy: Ten kurs jest przeznaczony dla osób, które są całkowicie nowe w Nextflow i chcą tworzyć własne pipeline'y.
- Umiejętności: Zakłada się pewną znajomość wiersza poleceń, podstawowych koncepcji skryptowych i popularnych formatów plików.
- Dziedzina: Ćwiczenia są niezależne od dziedziny, więc nie jest wymagana wcześniejsza wiedza naukowa.
Filmy szkoleniowe
Dla każdego rozdziału dostępne są filmy, w których instruktor przeprowadza ćwiczenia. Film do każdej części kursu jest osadzony na górze odpowiedniej strony.
Przegląd kursu¶
Ten kurs jest zaprojektowany jako praktyczny, z ćwiczeniami zorientowanymi na cel, strukturyzowanymi tak, aby wprowadzać informacje stopniowo.
Stworzysz prosty pipeline Nextflow, który przyjmuje tekstowe dane wejściowe, wykonuje kilka kroków transformacji i generuje pojedynczy plik tekstowy zawierający obraz ASCII postaci wypowiadającej przekształcony tekst.
Plan lekcji¶
Aby uniknąć przytłoczenia Cię koncepcjami i kodem, podzieliliśmy to na sześć części, z których każda skupia się na konkretnych aspektach tworzenia pipeline'ów w Nextflow.
| Rozdział kursu | Podsumowanie | Szacowany czas |
|---|---|---|
| Część 1: Hello World | Podstawowe komponenty i zasady składania i uruchamiania workflow'u Nextflow | 30 min |
| Część 2: Hello Channels | Używanie kanałów i operatorów do przetwarzania wejść i bezwysiłkowej równoległości wykonywania | 45 min |
| Część 3: Hello Workflow | Używanie kanałów do łączenia wielu kroków i obsługi transferu danych między krokami | 60 min |
| Część 4: Hello Modules | Stosowanie zasad modularności kodu w celu zwiększenia możliwości ponownego użycia i zmniejszenia obciążenia konserwacyjnego | 20 min |
| Część 5: Hello Containers | Używanie kontenerów jako mechanizmu zarządzania zależnościami oprogramowania i zwiększenia powtarzalności | 60 min |
| Część 6: Hello Config | Dostosowywanie zachowania pipeline'u i optymalizacja użycia w różnych środowiskach obliczeniowych | 60 min |
Pod koniec tego kursu będziesz dobrze przygotowany do podjęcia kolejnych kroków w Swojej drodze do tworzenia powtarzalnych workflow'ów dla Twoich potrzeb obliczeniowych w nauce.
Gotowy do rozpoczęcia kursu?