오리엔테이션¶
AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안
교육 환경에는 이 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 설치할 필요가 없습니다. 그러나 로그인하려면 (무료) 계정이 필요하며, 인터페이스에 익숙해지기 위해 몇 분 정도 시간을 할애해야 합니다.
아직 완료하지 않았다면 더 진행하기 전에 환경 설정 단기 과정을 수강하시기 바랍니다.
제공되는 자료¶
이 교육 과정 전반에 걸쳐 nf4-science/rnaseq/ 디렉토리에서 작업하게 되며, 교육 작업 공간을 열 때 이 디렉토리로 이동해야 합니다.
이 디렉토리에는 필요한 모든 코드 파일, 테스트 데이터 및 부속 파일이 포함되어 있습니다.
이 디렉토리의 내용을 자유롭게 탐색하십시오. 가장 쉬운 방법은 VSCode 인터페이스의 교육 작업 공간 왼쪽에 있는 파일 탐색기를 사용하는 것입니다.
또는 tree 명령을 사용할 수도 있습니다.
과정 전반에 걸쳐 tree의 출력을 사용하여 디렉토리 구조와 내용을 읽기 쉬운 형태로 표현하며, 때로는 명확성을 위해 약간 수정하기도 합니다.
여기서는 두 번째 수준까지 목차를 생성합니다:
디렉토리 내용
rnaseq
├── data
│ ├── genome.fa
│ ├── paired-end.csv
│ ├── reads
│ │ ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│ │ ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│ │ └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│ └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
├── modules
│ ├── fastqc.nf
│ ├── fastqc_pe.nf
│ ├── hisat2_align.nf
│ ├── hisat2_align_pe.nf
│ ├── multiqc.nf
│ ├── trim_galore.nf
│ └── trim_galore_pe.nf
├── rnaseq-2.1.nf
├── rnaseq-2.2.nf
├── rnaseq-2.3.nf
├── rnaseq-3.1.nf
├── rnaseq-3.2.nf
└── rnaseq_pe-3.3.nf
Note
이것이 많아 보여도 걱정하지 마십시오. 과정의 각 단계에서 관련 부분을 살펴보겠습니다. 이는 단지 개요를 제공하기 위한 것입니다.
시작하기 위해 알아야 할 사항은 다음과 같습니다:
-
rnaseq.nf파일은 개발할 워크플로우 스크립트의 개요입니다. -
nextflow.config파일은 최소한의 환경 속성을 설정하는 설정 파일입니다. 지금은 무시하셔도 됩니다. -
data디렉토리에는 입력 데이터 및 관련 리소스가 포함되어 있습니다: -
인간 염색체 20의 작은 영역(hg19/b37에서)으로 구성된
genome.fa라는 참조 게놈. - 파일 크기를 줄이기 위해 작은 영역으로 부분 집합된 RNAseq 데이터,
reads/디렉토리에 있습니다. -
일괄 처리를 위한 예제 데이터 파일의 ID 및 경로를 나열하는 CSV 파일.
-
solutions디렉토리에는 과정의 각 단계에서 생성되는 완성된 워크플로우 스크립트 및 모듈이 포함되어 있습니다. 이들은 작업을 확인하고 문제를 해결하기 위한 참조로 사용하기 위한 것입니다. 파일 이름의 번호는 과정의 해당 부분 단계에 해당합니다.
이제 과정을 시작하려면 이 페이지의 오른쪽 하단 모서리에 있는 화살표를 클릭하십시오.