RNAseq을 위한 Nextflow¶

AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안

이 교육 과정은 데이터 분석 파이프라인을 개발하거나 맞춤화하는 데 관심이 있는 전사체학 및 관련 분야의 연구자를 위한 것입니다. 이 과정은 Hello Nextflow 초급 교육을 기반으로 하며 bulk RNAseq 분석의 특정 맥락에서 Nextflow를 사용하는 방법을 보여줍니다.

구체적으로, 이 과정은 어댑터 서열을 트리밍하고, 리드를 참조 게놈에 정렬하며, 여러 단계에서 품질 관리(QC)를 수행하는 간단한 bulk RNAseq 처리 파이프라인을 구현하는 방법을 보여줍니다.

시작해 봅시다! 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하여 교육 환경을 실행하고(별도 탭에서 여는 것을 권장합니다), 로딩되는 동안 계속 읽어 주시기 바랍니다.

학습 목표¶

이 과정을 진행하면서 일반적인 RNAseq 사용 사례에 기본적인 Nextflow 개념과 도구를 적용하는 방법을 배우게 됩니다.

이 워크샵을 마치면 다음을 수행할 수 있게 됩니다:

기본 RNAseq 처리 및 QC 방법을 적용하는 선형 워크플로우 작성하기
FASTQ 및 참조 게놈 리소스와 같은 도메인별 파일을 적절하게 처리하기
단일 말단 및 쌍 말단 시퀀싱 데이터 처리하기
Nextflow의 데이터 플로우 패러다임을 활용하여 샘플별 RNAseq 처리를 병렬화하기
관련 채널 연산자를 사용하여 여러 단계와 샘플에 걸쳐 QC 리포트를 집계하기

전제 조건¶

이 과정은 다음에 대한 최소한의 친숙함을 가정합니다:

이 과학 분야에서 일반적으로 사용되는 도구 및 파일 형식
명령줄 사용 경험
Hello Nextflow 초급 교육에서 다룬 기본적인 Nextflow 개념 및 도구

기술적 요구 사항 및 환경 설정에 대해서는 환경 설정 단기 과정을 참조하십시오.