파트 1: Hello World

AI 지원 번역 - 자세히 알아보기 및 개선 제안

Hello Nextflow 교육 과정의 첫 번째 부분에서는 매우 기본적인 도메인에 구애받지 않는 Hello World 예제로 주제에 쉽게 접근합니다. 이 예제를 단계적으로 구축하여 기본 Nextflow 로직과 구성 요소의 사용법을 시연합니다.

Hello World 예제란 무엇인가요?

"Hello World!"는 프로그래밍 언어 또는 소프트웨어 프레임워크의 기본 구문과 구조를 보여주기 위한 최소한의 예제입니다. 이 예제는 일반적으로 콘솔이나 터미널과 같은 출력 장치에 "Hello, World!"라는 문구를 출력하거나 파일에 쓰는 것으로 구성됩니다.

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0. 워밍업: Hello World 예제 직접 실행

Nextflow로 감싸기 전에 터미널에서 직접 실행하는 간단한 명령으로 시작하여 무엇을 하는지 보여드리겠습니다.

Tip

시작하기 페이지에 설명된 대로 이제 hello-nextflow/ 디렉토리 안에 있어야 합니다.

0.1. 터미널이 hello라고 말하게 하기

터미널에서 다음 명령을 실행하십시오.

echo 'Hello World!'

명령 출력

Hello World!

이것은 터미널에 'Hello World' 텍스트를 출력합니다.

0.2. 출력을 파일에 쓰기

파이프라인 실행은 대부분 파일에서 데이터를 읽고 결과를 다른 파일에 쓰는 것을 포함하므로, 예제를 좀 더 관련성 있게 만들기 위해 텍스트 출력을 파일에 쓰도록 명령을 수정해 보겠습니다.

echo 'Hello World!' > output.txt

명령 출력

이것은 터미널에 아무것도 출력하지 않습니다.

0.3. 출력 찾기

'Hello World' 텍스트는 이제 지정한 출력 파일인 output.txt에 있어야 합니다. 파일 탐색기에서 열거나 예를 들어 cat 유틸리티를 사용하여 명령줄에서 열 수 있습니다.

파일 내용

Hello World!

이것이 첫 번째 Nextflow 워크플로우로 복제하려는 것입니다.

요약

터미널에서 텍스트를 출력하는 간단한 명령을 실행하는 방법과 선택적으로 출력을 파일에 쓰는 방법을 알게 되었습니다.

다음 단계

Nextflow 워크플로우로 작성하면 어떻게 보이는지 알아보세요.

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1. 스크립트 검토 및 실행

이전과 동일한 작업('Hello World!' 출력)을 수행하지만 Nextflow로 수행하는 완전히 기능적이지만 최소한의 워크플로우 스크립트 hello-world.nf를 제공합니다.

시작하기 위해 워크플로우 스크립트를 열어 구조를 파악해 보겠습니다. 그런 다음 실행하고 출력을 찾아봅니다.

1.1. 코드 검토

hello-world.nf 스크립트는 현재 디렉토리인 hello-nextflow에 있습니다. 편집기 창에서 여십시오.

전체 코드 파일

#!/usr/bin/env nextflow

/*
* echo를 사용하여 'Hello World!'를 파일에 출력
*/
process sayHello {

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo 'Hello World!' > output.txt
    """
}

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()
}

Nextflow 워크플로우 스크립트는 일반적으로 하나 이상의 process 정의와 workflow 자체, 그리고 나중에 소개할 몇 가지 선택적 블록(여기에는 없음)을 포함합니다.

각 process는 파이프라인의 해당 단계가 수행해야 할 작업을 설명하고, workflow는 다양한 단계를 연결하는 데이터 흐름 로직을 설명합니다.

먼저 process 블록을 자세히 살펴본 다음 workflow 블록을 살펴보겠습니다.

1.1.1. process 정의

첫 번째 코드 블록은 process를 설명합니다.

프로세스 정의는 process 키워드로 시작하고 프로세스 이름이 뒤따르며 마지막으로 중괄호로 구분된 프로세스 본문이 옵니다. 프로세스 본문에는 실행할 명령을 지정하는 script 블록이 포함되어야 하며, 이는 명령줄 터미널에서 실행할 수 있는 모든 것이 될 수 있습니다.

/*
* echo를 사용하여 'Hello World!'를 파일에 출력
*/
process sayHello {

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo 'Hello World!' > output.txt
    """
}

여기에 output.txt라는 파일에 출력을 쓰는 sayHello라는 프로세스가 있습니다.

이것은 output 정의와 실행할 script만 포함하는 매우 최소한의 프로세스 정의입니다.

output 정의에는 path 한정자가 포함되어 있으며, 이는 Nextflow에게 이것이 경로(디렉토리 경로와 파일 모두 포함)로 처리되어야 함을 알려줍니다. 또 다른 일반적인 한정자는 val입니다.

중요한 것은 출력 정의가 어떤 출력이 생성될지 결정하지 않는다는 것입니다. 실행이 완료된 후 Nextflow가 찾을 수 있도록 예상 출력을 단순히 선언합니다. 이는 명령이 성공적으로 실행되었는지 확인하고 필요한 경우 출력을 다운스트림 프로세스에 전달하는 데 필요합니다. 출력 블록에 선언된 것과 일치하지 않는 생성된 출력은 다운스트림 프로세스로 전달되지 않습니다.

Warning

이 예제는 두 개의 별도 위치(스크립트와 출력 블록)에 출력 파일 이름을 하드코딩했기 때문에 취약합니다. 하나를 변경하고 다른 하나를 변경하지 않으면 스크립트가 중단됩니다. 나중에 이 문제를 완화하기 위해 변수를 사용하는 방법을 배웁니다.

실제 파이프라인에서 프로세스는 일반적으로 지시문과 입력과 같은 추가 블록을 포함하며, 이에 대해서는 곧 소개합니다.

1.1.2. workflow 정의

두 번째 코드 블록은 workflow 자체를 설명합니다. 워크플로우 정의는 workflow 키워드로 시작하고 선택적 이름이 뒤따르며 중괄호로 구분된 워크플로우 본문이 옵니다.

여기에 main: 블록('이것이 워크플로우의 메인 본문입니다'라고 말하는 코드 요소)과 sayHello 프로세스에 대한 호출을 포함하는 workflow가 있습니다.

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()
}

이것은 매우 최소한의 workflow 정의입니다. 실제 파이프라인에서 워크플로우는 일반적으로 채널로 연결된 프로세스에 대한 여러 호출을 포함하고, 프로세스는 하나 이상의 변수 입력을 기대합니다.

이 교육 모듈의 후반부에서 변수 입력을 추가하는 방법을 배웁니다. 그리고 이 과정의 Part 3에서 더 많은 프로세스를 추가하고 채널로 연결하는 방법을 배웁니다.

Tip

기술적으로 main: 줄은 이와 같은 간단한 워크플로우에는 필요하지 않으므로 이를 포함하지 않는 워크플로우를 만날 수 있습니다. 그러나 워크플로우 수준 출력을 활용하려면 필요하므로 처음부터 포함하는 것이 좋습니다.

1.2. 워크플로우 실행

코드를 보는 것은 실행하는 것만큼 재미있지 않으므로 실제로 실행해 보겠습니다.

1.2.1. 워크플로우 시작 및 실행 모니터링

터미널에서 다음 명령을 실행하십시오:

nextflow run hello-world.nf

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [goofy_torvalds] DSL2 - revision: c33d41f479

executor >  local (1)
[65/7be2fa] sayHello | 1 of 1 ✔

콘솔 출력이 이와 같다면 축하합니다. 첫 번째 Nextflow 워크플로우를 실행하셨습니다!

여기서 가장 중요한 출력은 위의 출력에서 강조 표시된 마지막 줄입니다:

[65/7be2fa] sayHello | 1 of 1 ✔

이것은 sayHello 프로세스가 성공적으로 한 번 실행되었음을 알려줍니다(1 of 1 ✔).

중요한 것은 이 줄이 sayHello 프로세스 호출의 출력을 찾을 위치도 알려준다는 것입니다. 이제 살펴보겠습니다.

1.2.2. work 디렉토리에서 출력 및 로그 찾기

지정된 디렉토리에서 Nextflow를 처음 실행하면 실행 과정에서 생성된 모든 파일(및 심볼릭 링크)을 쓸 work라는 디렉토리가 생성됩니다.

work 디렉토리 내에서 Nextflow는 프로세스 호출별로 출력과 로그를 구성합니다. 각 프로세스 호출에 대해 Nextflow는 고유하게 만들기 위해 해시로 이름이 지정된 중첩된 하위 디렉토리를 생성하며, 여기에 필요한 모든 입력을 스테이징하고(기본적으로 심볼릭 링크 사용), 도우미 파일을 작성하고, 프로세스의 로그와 출력을 기록합니다.

해당 하위 디렉토리의 경로는 콘솔 출력의 대괄호 안에 잘린 형태로 표시됩니다. 위에 표시된 실행에서 얻은 것을 보면 sayHello 프로세스의 콘솔 로그 줄은 [65/7be2fa]로 시작합니다. 이것은 다음 디렉토리 경로에 해당합니다: work/65/7be2fad5e71e5f49998f795677fd68

그 안에 무엇이 있는지 살펴보겠습니다.

디렉토리 내용

work
└── 65
    └── 7be2fad5e71e5f49998f795677fd68
        ├── .command.begin
        ├── .command.err
        ├── .command.log
        ├── .command.out
        ├── .command.run
        ├── .command.sh
        ├── .exitcode
        └── output.txt

같은 것이 보이지 않나요?

정확한 하위 디렉토리 이름은 시스템에서 다를 것입니다.

VSCode 파일 탐색기에서 작업 하위 디렉토리의 내용을 탐색하면 모든 파일이 바로 표시됩니다. 그러나 로그 파일은 터미널에서 보이지 않도록 설정되어 있으므로 ls 또는 tree를 사용하여 보려면 보이지 않는 파일을 표시하는 관련 옵션을 설정해야 합니다.

tree -a work

먼저 워크플로우의 실제 출력, 즉 sayHello 프로세스에서 생성된 output.txt 파일을 살펴보고 싶을 것입니다. 열어보면 Hello World! 인사말이 있으며, 이것이 최소한의 워크플로우의 목적이었습니다.

파일 내용

output.txt

Hello World!

작동했습니다!

물론, 이렇게 작은 결과에 비해 래퍼 코드가 많아 보일 수 있지만, 입력 파일을 읽고 여러 단계를 연결하기 시작하면 모든 래퍼 코드의 가치가 더 분명해질 것입니다.

그렇긴 하지만 해당 디렉토리의 다른 파일도 살펴보겠습니다. 이것들은 작업 실행의 일부로 Nextflow가 생성한 도우미 및 로그 파일입니다.

• .command.begin: 프로세스 호출 실행 시작과 관련된 메타데이터
• .command.err: 프로세스 호출에서 발생한 오류 메시지(stderr)
• .command.log: 프로세스 호출에서 발생한 전체 로그 출력
• .command.out: 프로세스 호출의 일반 출력(stdout)
• .command.run: 프로세스 호출을 실행하기 위해 Nextflow가 실행한 전체 스크립트
• .command.sh: 프로세스 호출에서 실제로 실행된 명령
• .exitcode: 명령에서 나온 종료 코드

.command.sh 파일은 모든 북키핑 및 작업/환경 설정을 포함하지 않고 Nextflow가 실행한 메인 명령을 알려주므로 특히 유용합니다.

파일 내용

.command.sh

#!/bin/bash -ue
echo 'Hello World!' > output.txt

이것은 이전에 수동으로 실행한 것과 일치합니다.

이 경우 프로세스 명령이 하드코딩되어 있으므로 매우 간단하지만, 나중에 과정에서 일부 변수 보간을 포함하는 프로세스 명령을 보게 될 것입니다. 실패한 실행을 문제 해결할 때 Nextflow가 코드를 어떻게 해석했고 어떤 명령이 생성되었는지 정확히 볼 수 있다는 것이 특히 가치 있습니다.

1.3. 워크플로우 다시 실행

워크플로우를 몇 번 다시 실행한 다음 work/ 아래의 작업 디렉토리를 살펴보십시오.

디렉토리 내용

work
├── 0f
│   └── 52b7e07b0e274a80843fca48ed21b8
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
├── 65
    └── 7be2fad5e71e5f49998f795677fd68
│   │   ├── .command.begin
│   │   ├── .command.err
│   │   ├── .command.log
│   │   ├── .command.out
│   │   ├── .command.run
│   │   ├── .command.sh
│   │   ├── .exitcode
│   │   └── output.txt
│   └── e029f2e75305874a9ab263d21ebc2c
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
├── 6c
│   └── d4fd787e0b01b3c82e85696c297500
│       ├── .command.begin
│       ├── .command.err
│       ├── .command.log
│       ├── .command.out
│       ├── .command.run
│       ├── .command.sh
│       ├── .exitcode
│       └── output.txt
└── e8
    └── ab99fad46ade52905ec973ff39bb80
        ├── .command.begin
        ├── .command.err
        ├── .command.log
        ├── .command.out
        ├── .command.run
        ├── .command.sh
        ├── .exitcode
        └── output.txt

각 실행에 대해 완전한 출력 및 로그 파일 세트가 있는 새 하위 디렉토리가 생성된 것을 볼 수 있습니다. 이것은 동일한 워크플로우를 여러 번 실행해도 이전 실행의 결과를 덮어쓰지 않는다는 것을 보여줍니다.

요약

간단한 Nextflow 스크립트를 해독하고 실행하며 작업 디렉토리에서 출력 및 관련 로그 파일을 찾는 방법을 알게 되었습니다.

다음 단계

워크플로우 출력을 더 편리한 위치에 게시하는 방법을 배웁니다.

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2. 출력 게시

방금 배운 것처럼, 파이프라인에서 생성된 출력은 여러 계층 깊이의 작업 디렉토리에 묻혀 있습니다. 이것은 의도적으로 수행된 것입니다. Nextflow가 이 디렉토리를 제어하며 우리는 상호 작용해서는 안 됩니다. 그러나 이것은 관심 있는 출력을 검색하기 불편하게 만듭니다.

다행히 Nextflow는 워크플로우 수준 출력 정의를 사용하여 출력을 지정된 디렉토리에 게시하는 방법을 제공합니다.

2.1. 기본 사용법

이것은 두 가지 새로운 코드 조각이 필요합니다:

1. workflow 본문 내의 publish: 블록에서 프로세스 출력을 선언합니다.
2. 모드 및 위치와 같은 출력 옵션을 지정하는 스크립트에 output 블록을 추가합니다.

2.1.1. sayHello 프로세스의 출력 선언

워크플로우 본문에 publish: 블록(main: 블록과 같은 종류의 코드 요소)을 추가하고 sayHello() 프로세스의 출력을 나열해야 합니다.

워크플로우 스크립트 파일 hello-world.nf에 다음 코드 줄을 추가하십시오:

이후이전

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()

    publish:
    first_output = sayHello.out
}

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()
}

sayHello().out을 통해 프로세스의 출력을 간단히 참조하고 임의의 이름 first_output을 할당할 수 있습니다.

2.1.2. 스크립트에 output: 블록 추가

이제 출력 디렉토리 경로가 지정될 output: 블록을 추가하기만 하면 됩니다. 이 새 블록은 스크립트 내에서 workflow 블록 외부 및 아래에 위치합니다.

워크플로우 스크립트 파일 hello-world.nf에 다음 코드 줄을 추가하십시오:

이후이전

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()

    publish:
    first_output = sayHello.out
}

output {
    first_output {
        path '.'
    }
}

workflow {

    main:
    // 인사말을 내보냅니다
    sayHello()

    publish:
    first_output = sayHello.out
}

이것을 사용하여 workflow 블록에 선언된 모든 프로세스 출력에 특정 경로를 할당할 수 있습니다. 나중에 정교한 출력 디렉토리 구조를 생성하는 방법을 배우겠지만, 지금은 단순함을 위해 최소한의 경로만 하드코딩합니다.

2.1.3. 워크플로우 실행

이제 수정된 워크플로우 스크립트를 실행하십시오:

nextflow run hello-world.nf

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [jovial_mayer] DSL2 - revision: 35bd3425e5

executor >  local (1)
[9f/48ef97] sayHello | 1 of 1 ✔

터미널 출력은 익숙해 보일 것입니다. 외부적으로는 아무것도 변경되지 않았습니다.

그러나 파일 탐색기를 확인하십시오: 이번에는 Nextflow가 results/라는 새 디렉토리를 생성했습니다.

디렉토리 내용

.
├── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── results
│   └── output.txt -> /workspaces/training/hello-nextflow/work/9f/48ef97f110b0dbd83635d7cbe288d2/output.txt
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── work
    ├── 65
    └── 9f

results 디렉토리 안에는 방금 실행한 명령에 의해 작업 디렉토리에 생성된 output.txt에 대한 심볼릭 링크가 있습니다.

이를 통해 작업 하위 디렉토리를 뒤지지 않고도 출력 파일을 쉽게 검색할 수 있습니다.

2.2. 사용자 정의 위치 설정

기본 위치가 있는 것은 좋지만 결과가 저장되는 위치와 구성 방법을 사용자 정의하고 싶을 수 있습니다.

예를 들어, 출력을 하위 디렉토리로 구성하고 싶을 수 있습니다. 가장 간단한 방법은 출력별로 특정 출력 경로를 할당하는 것입니다.

2.2.1. 출력 경로 수정

특정 출력의 게시 동작을 수정하는 것은 정말 간단합니다. 사용자 정의 위치를 설정하려면 path를 적절하게 편집하기만 하면 됩니다:

이후이전

output {
    first_output {
        path 'hello_world'
    }
}

output {
    first_output {
        path '.'
    }
}

개별 출력 수준에서 설정되므로 필요에 맞게 다른 위치와 하위 디렉토리를 지정할 수 있습니다.

2.2.2. 워크플로우 다시 실행

시도해 보겠습니다.

nextflow run hello-world.nf

명령 출력

 N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [tiny_shaw] DSL2 - revision: 757723adc1

executor >  local (1)
[8c/79499c] process > sayHello [100%] 1 of 1 ✔

이번에는 결과가 지정된 하위 디렉토리 아래에 기록됩니다.

디렉토리 내용

results/
├── hello_world
│   └── output.txt -> /workspaces/training/hello-nextflow/work/8c/79499c2e506b79e2e01acb808d9d12/output.txt
└── output.txt -> /workspaces/training/hello-nextflow/work/65/f56f2cd75df1352e106fcdd084b97b/output.txt

이전 실행의 결과도 여전히 있습니다.

원하는 만큼 중첩 수준을 사용할 수 있습니다. 프로세스 이름이나 다른 변수를 사용하여 결과를 구성하는 데 사용되는 디렉토리 이름을 지정할 수도 있으며, 최상위 출력 디렉토리의 기본 이름을 변경할 수도 있습니다(특수 변수 outputDir에 의해 제어됨). 이러한 옵션은 이후 교육에서 다룹니다.

2.3. 게시 모드를 copy로 설정

기본적으로 출력은 work 디렉토리의 심볼릭 링크로 게시됩니다. 즉, 파일 시스템에 단일 파일만 있습니다.

이것은 여러 복사본을 저장하고 싶지 않은 매우 큰 파일을 다룰 때 좋습니다. 그러나 어느 시점에서 작업 디렉토리를 삭제하면(곧 정리 작업을 다룰 것입니다) 파일에 대한 액세스를 잃게 됩니다. 따라서 중요한 파일의 복사본을 안전한 장소에 저장하는 계획이 필요합니다.

쉬운 옵션 중 하나는 관심 있는 출력의 게시 모드를 copy로 전환하는 것입니다.

2.3.1. mode 지시문 추가

이 부분은 정말 간단합니다. 관련 워크플로우 수준 출력 정의에 mode 'copy'를 추가하기만 하면 됩니다:

이후이전

output {
    first_output {
        path 'hello_world'
        mode 'copy'
    }
}

output {
    first_output {
        path 'hello_world'
    }
}

이것은 해당 특정 출력의 게시 모드를 설정합니다.

2.3.2. 워크플로우 다시 실행

시도해 보겠습니다.

nextflow run hello-world.nf

명령 출력

 N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [tiny_shaw] DSL2 - revision: 757723adc1

executor >  local (1)
[df/521638] process > sayHello [100%] 1 of 1 ✔

이번에는 결과를 보면 파일이 심볼릭 링크가 아닌 적절한 복사본입니다.

디렉토리 내용

results/
├── hello_world
│   └── output.txt
└── output.txt -> /workspaces/training/hello-nextflow/work/65/f56f2cd75df1352e106fcdd084b97b/output.txt

이것도 개별 출력 수준에서 설정되므로 세분화된 방식으로 게시 모드를 설정할 수 있습니다. 나중에 다단계 파이프라인으로 이동할 때 특히 유용할 것입니다. 예를 들어 최종 출력만 복사하고 중간 출력은 심볼릭 링크로 둘 수 있습니다.

앞서 언급했듯이 출력이 게시되는 방식을 제어하는 다른 더 정교한 옵션이 있습니다. Nextflow 여정에서 적절한 시기에 사용 방법을 보여드리겠습니다.

2.4. 프로세스 수준 publishDir 지시문에 대한 참고

최근까지 출력을 게시하는 확립된 방법은 publishDir 지시문을 사용하여 각 개별 프로세스 수준에서 수행하는 것이었습니다.

sayHello 프로세스의 출력에 대해 방금 수행한 것을 달성하려면 대신 프로세스 정의에 다음 줄을 추가했을 것입니다:

process sayHello {

    publishDir 'results/hello_world', mode: 'copy'

    output:
    path 'output.txt'

    script:
    """
    echo 'Hello World!' > output.txt
    """
}

이 코드 패턴은 이전 Nextflow 파이프라인과 프로세스 모듈 전반에 걸쳐 여전히 발견되므로 알아두는 것이 중요합니다. 그러나 향후 버전의 Nextflow 언어에서는 결국 허용되지 않을 것이므로 새 작업에서는 사용하지 않는 것이 좋습니다.

요약

워크플로우 출력을 더 편리한 위치에 게시하는 방법을 알게 되었습니다.

다음 단계

명령줄 매개변수를 통해 전달된 변수 입력을 제공하고 기본값을 효과적으로 활용하는 방법을 배웁니다.

---

3. 명령줄에서 전달된 변수 입력 사용

현재 상태에서 워크플로우는 프로세스 명령에 하드코딩된 인사말을 사용합니다. 입력 변수를 사용하여 런타임에 인사말을 더 쉽게 변경할 수 있도록 유연성을 추가하고자 합니다.

이를 위해 스크립트에 세 가지 변경이 필요합니다:

1. 프로세스가 변수 입력을 기대하도록 변경
2. 사용자 입력을 캡처하기 위한 명령줄 매개변수 설정
3. 워크플로우 본문에서 프로세스에 입력 전달

이러한 변경을 한 번에 하나씩 수행해 보겠습니다.

3.1. sayHello 프로세스가 변수 입력을 기대하도록 변경

프로세스 정의를 편집하여 (1) 입력 변수를 받고 (2) 명령줄에서 해당 변수를 사용해야 합니다.

3.1.1. 프로세스 정의에 입력 블록 추가

먼저 greeting이라는 입력을 받도록 프로세스 정의를 조정해 보겠습니다.

프로세스 블록에서 다음 코드 변경을 수행하십시오:

이후이전

process sayHello {

    input:
    val greeting

    output:
    path 'output.txt'

process sayHello {

    output:
    path 'output.txt'

greeting 변수는 값(경로가 아님)임을 Nextflow에 알리기 위해 val 접두사가 붙습니다.

3.1.2. 입력 변수를 사용하도록 프로세스 명령 편집

이제 원래 하드코딩된 값을 받을 것으로 예상되는 입력 변수의 값으로 교체합니다.

프로세스 블록에서 다음 코드 변경을 수행하십시오:

이후이전

script:
"""
echo '${greeting}' > output.txt
"""

script:
"""
echo 'Hello World!' > output.txt
"""

$ 기호와 중괄호({ })는 Nextflow에게 이것이 실제 입력 값으로 대체(=보간)해야 하는 변수 이름임을 알려줍니다.

Tip

중괄호({ })는 이전 버전의 Nextflow에서는 기술적으로 선택 사항이었으므로 echo '$greeting' > output.txt로 작성된 이전 워크플로우를 볼 수 있습니다.

이제 sayHello() 프로세스가 변수 입력을 받을 준비가 되었으므로 워크플로우 수준에서 프로세스 호출에 입력 값을 제공하는 방법이 필요합니다.

3.2. 사용자 입력을 캡처하기 위한 명령줄 매개변수 설정

sayHello('Hello World!')를 프로세스 호출로 만들어 입력을 직접 하드코딩할 수 있습니다. 그러나 워크플로우로 실제 작업을 수행할 때는 명령줄에서 입력을 제어할 수 있어야 합니다.

좋은 소식: Nextflow에는 CLI 매개변수를 쉽게 선언하고 사용할 수 있는 params라는 내장 워크플로우 매개변수 시스템이 있습니다.

일반적인 구문은 params.<parameter_name>을 선언하여 Nextflow에게 명령줄에서 --<parameter_name> 매개변수를 기대하도록 알리는 것입니다.

여기서는 --input이라는 매개변수를 만들고 싶으므로 워크플로우 어딘가에 params.input을 선언해야 합니다. 원칙적으로 어디에나 쓸 수 있지만, sayHello() 프로세스 호출에 전달해야 하므로 sayHello(params.input)을 작성하여 직접 연결할 수 있습니다.

워크플로우 블록에서 다음 코드 변경을 수행하십시오:

이후이전

// 인사말을 내보냅니다
sayHello(params.input)

// 인사말을 내보냅니다
sayHello()

이것은 Nextflow에게 --input 매개변수를 통해 제공된 값으로 sayHello 프로세스를 실행하도록 지시합니다.

사실상 섹션 시작 부분에 설명된 단계 (2)와 (3)을 한 번에 달성했습니다.

3.3. 워크플로우 명령 실행

실행해 보겠습니다!

nextflow run hello-world.nf --input 'Bonjour le monde!'

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [elated_lavoisier] DSL2 - revision: 7c031b42ea

executor >  local (1)
[4b/654319] sayHello | 1 of 1 ✔

이러한 편집을 모두 올바르게 수행했다면 또 다른 성공적인 실행을 얻어야 합니다.

출력 파일을 열어 이제 새 버전의 인사말이 있는지 확인하십시오.

파일 내용

results/hello_world/output.txt

Bonjour le monde!

Voilà!

새 실행이 results 디렉토리에 게시된 출력 파일을 덮어썼습니다. 그러나 이전 실행의 결과는 여전히 work 아래의 작업 디렉토리에 보존되어 있습니다.

Tip

Nextflow 수준 매개변수와 파이프라인 수준 매개변수를 쉽게 구분할 수 있습니다.

• 파이프라인에 적용되는 매개변수는 항상 이중 하이픈(--)을 사용합니다.
• Nextflow 설정을 수정하는 매개변수, 예를 들어 앞서 사용한 -resume 기능은 단일 하이픈(-)을 사용합니다.

3.4. 명령줄 매개변수에 기본값 사용

좋습니다. 편리했지만, 많은 경우 모든 실행에 지정할 필요가 없도록 매개변수에 기본값을 제공하는 것이 좋습니다.

3.4.1. CLI 매개변수에 기본값 설정

워크플로우 정의 전에 input 매개변수를 선언하여 기본값을 제공해 보겠습니다.

/*
 * 파이프라인 매개변수
 */
params {
    input: String = 'Holà mundo!'
}

보시다시피 워크플로우가 기대하는 입력 유형을 지정할 수 있습니다(Nextflow 25.10.2 이상). 구문은 name: Type = default_value입니다. 지원되는 유형에는 String, Integer, Float, Boolean, Path가 포함됩니다.

Info

이전 워크플로우에서는 전체 params 블록이 input = 'Holà mundo!'로만 작성된 것을 볼 수 있습니다.

파이프라인에 더 많은 매개변수를 추가할 때 기본값을 제공해야 하든 아니든 이 블록에 모두 추가해야 합니다. 이렇게 하면 한눈에 모든 구성 가능한 매개변수를 쉽게 찾을 수 있습니다.

3.4.2. 매개변수를 지정하지 않고 워크플로우 다시 실행

기본값이 설정되었으므로 명령줄에서 값을 지정하지 않고 워크플로우를 다시 실행할 수 있습니다.

nextflow run hello-world.nf

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [determined_edison] DSL2 - revision: 3539118582

executor >  local (1)
[72/394147] sayHello | 1 of 1 ✔

출력은 이전과 같은 위치에 있지만 내용은 새 텍스트로 업데이트되어야 합니다.

파일 내용

results/hello_world/output.txt

Holà mundo!

Nextflow는 인사말 매개변수의 기본값을 사용하여 출력을 생성했습니다.

3.4.3. 기본값 재정의

명령줄에서 매개변수를 제공하면 CLI 값이 기본값을 재정의합니다.

시도해 보십시오:

nextflow run hello-world.nf --input 'Konnichiwa!'

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [elegant_faraday] DSL2 - revision: 3539118582

executor >  local (1)
[6f/a12a91] sayHello | 1 of 1 ✔

다시 한번 results 디렉토리에서 해당하는 업데이트된 출력을 찾을 수 있습니다.

파일 내용

results/hello_world/output.txt

Konnichiwa!

Note

Nextflow에서는 매개변수 값을 지정할 수 있는 여러 곳이 있습니다. 동일한 매개변수가 여러 곳에서 다른 값으로 설정된 경우 Nextflow는 여기에 설명된 우선순위에 따라 사용할 값을 결정합니다.

Part 6(Configuration)에서 이에 대해 더 자세히 다룹니다.

요약

명령줄 매개변수를 통해 런타임에 제공되는 간단한 변수 입력을 사용하는 방법과 기본값을 설정, 사용 및 재정의하는 방법을 알게 되었습니다.

다음 단계

워크플로우 실행을 더 편리하게 관리하는 방법을 배웁니다.

---

4. 워크플로우 실행 관리

워크플로우를 시작하고 출력을 검색하는 방법을 아는 것은 좋지만, 특히 자체 워크플로우를 개발하는 경우 워크플로우 관리의 몇 가지 다른 측면이 생활을 더 쉽게 만들어 줄 것입니다.

여기서는 동일한 워크플로우를 다시 실행해야 할 때 resume 기능을 사용하는 방법, nextflow log로 과거 실행 로그를 검사하는 방법, nextflow clean으로 이전 작업 디렉토리를 삭제하는 방법을 보여드립니다.

4.1. -resume으로 워크플로우 다시 실행

때로는 이전에 이미 실행한 파이프라인을 이미 성공적으로 완료된 단계를 다시 수행하지 않고 다시 실행하고 싶을 것입니다.

Nextflow에는 이를 수행할 수 있는 -resume이라는 옵션이 있습니다. 구체적으로 이 모드에서는 정확히 동일한 코드, 설정 및 입력으로 이미 실행된 프로세스가 건너뛰어집니다. 이것은 Nextflow가 마지막 실행 이후 추가하거나 수정한 프로세스 또는 새 설정이나 입력을 제공하는 프로세스만 실행한다는 것을 의미합니다.

이렇게 하는 두 가지 주요 이점이 있습니다:

• 파이프라인을 개발하는 중이라면 변경 사항을 테스트하기 위해 현재 작업 중인 프로세스만 실행하면 되므로 더 빠르게 반복할 수 있습니다.
• 프로덕션에서 파이프라인을 실행하고 문제가 발생하면 많은 경우 문제를 수정하고 파이프라인을 다시 실행하면 실패 지점부터 실행이 재개되어 많은 시간과 컴퓨팅을 절약할 수 있습니다.

사용하려면 명령에 -resume을 추가하고 실행하기만 하면 됩니다:

nextflow run hello-world.nf -resume

명령 출력

N E X T F L O W   ~  version 25.10.2

Launching `hello-world.nf` [golden_cantor] DSL2 - revision: 35bd3425e5

[62/49a1f8] sayHello | 1 of 1, cached: 1 ✔

콘솔 출력은 익숙해 보이지만, 이전과 약간 다른 점이 있습니다.

프로세스 상태 줄(5줄)에 추가된 cached: 비트를 찾으십시오. 이것은 Nextflow가 이 작업을 이미 수행했음을 인식하고 이전 성공적인 실행의 결과를 단순히 재사용했음을 의미합니다.

작업 하위 디렉토리 해시가 이전 실행과 동일한 것도 볼 수 있습니다. Nextflow는 문자 그대로 이전 실행을 가리키며 "이미 저기서 했습니다"라고 말합니다.

Tip

resume으로 파이프라인을 다시 실행하면 Nextflow는 이전에 성공적으로 실행된 실행에서 작업 디렉토리 외부에 게시된 파일을 덮어쓰지 않습니다.

4.2. 과거 실행 로그 검사

새 파이프라인을 개발하든 프로덕션에서 파이프라인을 실행하든 어느 시점에서 과거 실행에 대한 정보를 찾아야 할 것입니다. 방법은 다음과 같습니다.

nextflow 워크플로우를 시작할 때마다 현재 작업 디렉토리의 .nextflow라는 숨겨진 디렉토리 아래의 history라는 로그 파일에 줄이 기록됩니다.

파일 내용

2025-07-04 19:27:09	1.8s	wise_watson	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	a02c9c46-c3c7-4085-9139-d1b9b5b194c8	nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World'
2025-07-04 19:27:20	2.9s	spontaneous_blackwell	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	59a5db23-d83c-4c02-a54e-37ddb73a337e	nextflow run 1-hello.nf --input Bonjour
2025-07-04 19:27:31	1.8s	gigantic_yonath	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5acaa83a-6ad6-4509-bebc-cb25d5d7ddd0	nextflow run 1-hello.nf --input 'Dobry den'
2025-07-04 19:27:45	2.4s	backstabbing_swartz	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e	nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa
2025-07-04 19:27:57	2.1s	goofy_wilson	OK	3539118582ccde68dde471cc2c66295c	5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e	nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa -resume

이 파일은 현재 작업 디렉토리 내에서 시작된 모든 Nextflow 실행의 타임스탬프, 실행 이름, 상태, 리비전 ID, 세션 ID 및 전체 명령줄을 제공합니다.

이 정보에 액세스하는 더 편리한 방법은 nextflow log 명령을 사용하는 것입니다.

nextflow log

명령 출력

TIMESTAMP               DURATION        RUN NAME                STATUS  REVISION ID     SESSION ID                              COMMAND
2025-07-04 19:27:09     1.8s            wise_watson             OK       3539118582     a02c9c46-c3c7-4085-9139-d1b9b5b194c8    nextflow run 1-hello.nf --input 'Hello World'
2025-07-04 19:27:20     2.9s            spontaneous_blackwell   OK       3539118582     59a5db23-d83c-4c02-a54e-37ddb73a337e    nextflow run 1-hello.nf --input Bonjour
2025-07-04 19:27:31     1.8s            gigantic_yonath         OK       3539118582     5acaa83a-6ad6-4509-bebc-cb25d5d7ddd0    nextflow run 1-hello.nf --input 'Dobry den'
2025-07-04 19:27:45     2.4s            backstabbing_swartz     OK       3539118582     5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e    nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa
2025-07-04 19:27:57     2.1s            goofy_wilson            OK       3539118582     5f4b3269-5b53-404a-956c-cac915fbb74e    nextflow run 1-hello.nf --input Konnichiwa -resume

이것은 헤더 줄이 추가된 로그 파일의 내용을 터미널에 출력합니다.

새 nextflow run 명령을 실행할 때마다 세션 ID가 변경되지만 -resume 옵션을 사용하는 경우는 제외됩니다. 이 경우 세션 ID는 동일하게 유지됩니다.

Nextflow는 세션 ID를 사용하여 .nextflow 아래에도 위치한 cache 디렉토리 아래에 실행 캐싱 정보를 그룹화합니다.

4.3. 이전 작업 디렉토리 삭제

개발 과정에서 일반적으로 초안 파이프라인을 많이 실행하여 많은 하위 디렉토리에 많은 파일이 축적될 수 있습니다.

다행히 Nextflow에는 더 이상 관심 없는 과거 실행의 작업 하위 디렉토리를 자동으로 삭제할 수 있는 유용한 clean 하위 명령이 포함되어 있습니다.

4.3.1. 삭제 기준 결정

삭제할 항목을 결정하는 여러 옵션이 있습니다.

여기서는 실행 이름을 사용하여 지정된 실행 이전의 모든 실행에서 하위 디렉토리를 삭제하는 예제를 보여드립니다.

-resume을 사용하지 않은 가장 최근 성공적인 실행을 찾으십시오. 우리의 경우 실행 이름은 golden_cantor였습니다.

실행 이름은 Launching (...) 콘솔 출력 줄의 대괄호 안에 표시된 기계 생성 두 부분 문자열입니다. Nextflow 로그를 사용하여 타임스탬프 및/또는 명령줄을 기반으로 실행을 조회할 수도 있습니다.

4.3.2. 드라이 런 수행

먼저 드라이 런 플래그 -n을 사용하여 명령이 주어졌을 때 무엇이 삭제될지 확인합니다:

nextflow clean -before golden_cantor -n

명령 출력

Would remove /workspaces/training/hello-nextflow/work/a3/7be2fad5e71e5f49998f795677fd68

출력에는 다른 작업 디렉토리 이름이 있고 줄 수가 다를 수 있지만 예제와 비슷하게 보일 것입니다.

줄이 출력되지 않으면 유효한 실행 이름을 제공하지 않았거나 삭제할 과거 실행이 없는 것입니다. 예제 명령에서 golden_cantor를 로그의 해당 최신 실행 이름으로 변경하십시오.

4.3.3. 삭제 진행

출력이 예상대로 보이고 삭제를 진행하려면 -n 대신 -f 플래그를 사용하여 명령을 다시 실행하십시오:

nextflow clean -before golden_cantor -f

명령 출력

Removed /workspaces/training/hello-nextflow/work/a3/7be2fad5e71e5f49998f795677fd68

출력은 이전과 비슷하지만 이제 'Would remove' 대신 'Removed'라고 표시됩니다. 이것은 두 문자 하위 디렉토리(위의 a3/와 같은)를 제거하지 않지만 내용을 비웁니다.

Warning

과거 실행의 작업 하위 디렉토리를 삭제하면 Nextflow 캐시에서 제거되고 해당 디렉토리에 저장된 모든 출력이 삭제됩니다. 이것은 해당 프로세스를 다시 실행하지 않고 실행을 재개하는 Nextflow의 기능을 중단시킵니다.

관심 있거나 의존하려는 출력을 저장하는 것은 귀하의 책임입니다! 이것이 publish 지시문에 symlink 모드보다 copy 모드를 선호하는 주된 이유입니다.

요약

특정 디렉토리에 출력을 게시하고, 이미 동일한 방식으로 실행된 단계를 반복하지 않고 파이프라인을 다시 실행하고, nextflow clean 명령을 사용하여 이전 작업 디렉토리를 정리하는 방법을 알게 되었습니다.

더 일반적으로 간단한 Nextflow 워크플로우를 해석하고 실행을 관리하며 출력을 검색하는 방법을 알게 되었습니다.

다음 단계

잠시 쉬세요, 받을 자격이 있습니다!

준비가 되면 Part 2: Hello Channels로 이동하여 채널을 사용하여 워크플로우에 입력을 공급하는 방법을 배우십시오. 이를 통해 Nextflow의 내장 데이터 흐름 병렬 처리 및 기타 강력한 기능을 활용할 수 있습니다.

---

퀴즈

#

Nextflow 프로세스의 최소 필수 구성 요소는 무엇입니까?

입력 및 출력 블록만

출력 및 스크립트 블록

입력, 출력 및 스크립트 블록

스크립트 블록만

자세히 알아보기: 1.1.1. 프로세스 정의

#

프로세스에서 출력 블록의 목적은 무엇입니까?

결과를 콘솔에 출력

작업 디렉토리에 파일 저장

프로세스에서 예상되는 출력 선언

환경 변수 정의

자세히 알아보기: 1.1.1. 프로세스 정의

#

Nextflow 워크플로우를 실행하는 데 사용되는 명령은 무엇입니까?

nextflow start

nextflow execute

nextflow run

nextflow launch

#

작업의 작업 디렉토리를 보면 실제로 실행된 명령이 포함된 파일은 무엇입니까?

work/a3/7be2fa.../
├── .command.begin
├── .command.err
├── .command.log
├── .command.out
├── .command.run
├── .command.sh
├── .exitcode
└── output.txt

.command.run

.command.sh

.command.log

.command.out

자세히 알아보기: 1.2.2. work 디렉토리에서 출력 및 로그 찾기

#

-resume 플래그는 무엇을 합니까?

워크플로우를 처음부터 다시 시작

워크플로우 일시 중지

이미 성공적으로 완료된 프로세스 건너뛰기

워크플로우 백업 생성

자세히 알아보기: 4.1. -resume으로 워크플로우 다시 실행

#

워크플로우 출력 게시의 기본 모드는 무엇입니까?

출력 디렉토리에 파일 복사

출력 디렉토리에 심볼릭 링크 생성

출력 디렉토리로 파일 이동

출력 디렉토리에 파일 압축

자세히 알아보기: 2.3. 게시 모드를 copy로 설정

#

명령줄에서 Nextflow 워크플로우에 매개변수 값을 어떻게 전달합니까?

-parameter value

--parameter:value

--parameter value

-p parameter=value

자세히 알아보기: 3.2. 사용자 입력을 캡처하기 위한 명령줄 매개변수 설정

#

Nextflow 스크립트 블록 내에서 변수를 어떻게 참조합니까?

%variable% 구문 사용

${variable} 구문 사용

{{variable}} 구문 사용

[variable] 구문 사용