Orientamento¶

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L'ambiente di formazione contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per seguire questo corso di formazione, quindi non è necessario installare nulla autonomamente. Tuttavia, è necessario un account (gratuito) per effettuare l'accesso, e si dovrebbe dedicare qualche minuto per familiarizzare con l'interfaccia.

Se non lo ha ancora fatto, completi il mini-corso Configurazione dell'Ambiente prima di procedere.

Materiali forniti¶

Nel corso di questa formazione, lavoreremo nella directory nf4-science/rnaseq/, nella quale è necessario spostarsi all'apertura dell'ambiente di formazione. Questa directory contiene tutti i file di codice, i dati di test e i file accessori necessari.

Si senta libero di esplorare i contenuti di questa directory; il modo più semplice per farlo è utilizzare l'esploratore di file sul lato sinistro dell'ambiente di formazione nell'interfaccia VSCode. In alternativa, potete utilizzare il comando tree. Nel corso della formazione, utilizziamo l'output di tree per rappresentare la struttura e i contenuti delle directory in una forma leggibile, talvolta con modifiche minori per chiarezza.

Qui generiamo un sommario dei contenuti fino al secondo livello:

tree . -L 3

Contenuti della directory

rnaseq
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Note

Non si preoccupi se questo sembra molto; esamineremo le parti pertinenti in ogni fase del corso. Questo è solo per fornire una panoramica generale.

Ecco un riepilogo di ciò che dovrebbe sapere per iniziare:

Il file rnaseq.nf è la struttura dello script del workflow che svilupperemo.
Il file nextflow.config è un file di configurazione che imposta proprietà minime dell'ambiente. Può ignorarlo per ora.
La directory data contiene i dati di input e le risorse correlate:
Un genoma di riferimento chiamato genome.fa costituito da una piccola regione del cromosoma umano 20 (da hg19/b37).
Dati RNAseq che sono stati ridotti a una piccola regione per mantenere ridotte le dimensioni dei file, nella directory reads/.
File CSV che elencano gli ID e i percorsi dei file di dati di esempio, per l'elaborazione in batch.
La directory solutions contiene gli script del workflow completi e i moduli risultanti da ogni fase del corso. Sono destinati a essere utilizzati come riferimento per verificare il proprio lavoro e risolvere eventuali problemi. Il numero nel nome del file corrisponde alla fase della parte pertinente del corso.

Tip

Se per qualsiasi motivo vi spostate fuori da questa directory, potete sempre eseguire questo comando per ritornarvi:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Ora, per iniziare il corso, cliccate sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.