Orientamento¶
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Questo orientamento presuppone che abbiate già aperto l'ambiente di formazione cliccando sul pulsante "Open in GitHub Codespaces". Se non l'ha ancora fatto, Vi preghiamo di farlo ora, idealmente in una seconda finestra o scheda del browser in modo da poter consultare queste istruzioni.
Requisito dimensione macchina
Assicuratevi di selezionare una macchina a 8 core quando crea il vostro Codespace per questo corso di formazione. I workflow di bioimaging richiedono risorse di calcolo aggiuntive.
GitHub Codespaces¶
L'ambiente GitHub Codespaces contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per seguire questo corso di formazione, quindi non è necessario installare nulla autonomamente. Tuttavia, è necessario un account GitHub (gratuito) per effettuare l'accesso e, se non ha familiarità con l'interfaccia, dovrebbe dedicare qualche minuto per familiarizzare con essa completando il mini-corso GitHub Codespaces Orientation.
Pre-download delle immagini Docker¶
Una volta aperto il vostro Codespace, scarichiamo preventivamente tutte le immagini Docker che ci serviranno per questo corso di formazione. Questo farà risparmiare tempo in seguito e garantirà un'esecuzione fluida dei workflow.
Aprite una nuova scheda del terminale ed eseguite il seguente comando:
Questo comando scaricherà tutte le immagini Docker necessarie in background. Può continuare con il resto dell'orientamento mentre questo è in esecuzione.
Suggerimento
Il flag -stub consente al pipeline di essere eseguito rapidamente senza elaborare dati reali, il che è perfetto per scaricare le immagini. Può monitorare il progresso nella scheda del terminale.
Directory di lavoro¶
Durante questo corso di formazione, lavoreremo nella directory nf4-science/imaging/.
Cambi directory ora eseguendo questo comando nel terminale:
Suggerimento
Se per qualsiasi motivo vi spostate fuori da questa directory, potete sempre utilizzare il percorso completo per ritornarvi, assumendo che stiate lavorando nell'ambiente di formazione GitHub Codespaces:
Ora, per iniziare il corso, cliccate sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.