Riepilogo del corso¶
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Congratulazioni per aver completato il corso di formazione Nextflow Run!
Il tuo percorso¶
Hai iniziato con un workflow molto basilare, e hai imparato a eseguirlo, trovare gli output e gestire la sua esecuzione. Poi, hai lavorato attraverso versioni sempre più complesse di quel workflow e hai imparato a riconoscere i concetti e i meccanismi essenziali che alimentano le pipeline Nextflow, inclusi channel e operatori, modularizzazione del codice e container. Infine, hai imparato come personalizzare la configurazione di una pipeline per adattarla alle tue preferenze e alla tua infrastruttura di calcolo.
Cosa hai imparato¶
Ora sei in grado di gestire l'esecuzione della pipeline Hello, descrivere come è strutturata e identificare i principali pezzi di codice coinvolti.
- La forma finale del workflow Hello prende come input un file CSV contenente saluti di testo.
- I quattro step sono implementati come process Nextflow (
sayHello,convertToUpper,collectGreetingsecowpy) memorizzati in file modulo separati. - I risultati vengono pubblicati in una directory chiamata
results/. - L'output finale della pipeline è un file di testo semplice contenente arte ASCII di un personaggio che pronuncia i saluti in maiuscolo.
sayHello: Scrive ogni saluto nel suo file di output (es. "Hello-output.txt")convertToUpper: Converte ogni saluto in maiuscolo (es. "HELLO")collectGreetings: Raccoglie tutti i saluti maiuscoli in un singolo file batchcowpy: Genera arte ASCII usando lo strumentocowpy
La configurazione del workflow supporta la fornitura di input e parametri in modo flessibile e riproducibile.
Competenze acquisite¶
Attraverso questo corso pratico, hai imparato come:
- Lanciare un workflow Nextflow localmente
- Trovare e interpretare output (risultati) e file di log generati da Nextflow
- Riconoscere i componenti principali di Nextflow che costituiscono un semplice workflow multi-step
- Descrivere concetti avanzati come operatori e channel factory
- Configurare pipeline per diversi ambienti di calcolo
Ora sei equipaggiato con le conoscenze fondamentali per iniziare a integrare le pipeline Nextflow esistenti nel tuo lavoro.
Prossimi passi per sviluppare le tue competenze¶
Ecco i nostri migliori suggerimenti su cosa fare dopo:
- Non limitarti a eseguire Nextflow, scrivilo! Diventa uno sviluppatore Nextflow con Hello Nextflow
- Applica Nextflow a un caso d'uso di analisi scientifica con Nextflow for Science
- Inizia con nf-core con Hello nf-core
- Impara tecniche di troubleshooting con la Debugging Side Quest
Infine, ti raccomandiamo di dare un'occhiata a Seqera Platform, una piattaforma cloud-based sviluppata dai creatori di Nextflow che rende ancora più facile lanciare e gestire i tuoi workflow, oltre a gestire i tuoi dati e eseguire analisi interattivamente in qualsiasi ambiente.
Ottenere aiuto¶
Per risorse di aiuto e supporto della community, consulta la pagina di Aiuto.
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