Versioni di Nextflow
Versione attuale della sintassi Nextflow supportata e requisiti¶
A partire dalla versione 3.0 del portale di formazione, tutti i nostri corsi di formazione sono basati sulla versione 25.10.2 di Nextflow, salvo diversa indicazione nella pagina indice del corso (ad eccezione dei materiali deprecati o archiviati che potrebbero non includere un avviso di versione).
Poiché i corsi ora utilizzano input tipizzati a livello di workflow così come direttive di output a livello di workflow, richiedono l'uso del parser di sintassi V2. Se prevede di utilizzare l'ambiente che forniamo attraverso Github Codespaces o devcontainer locali, non è necessario fare nulla a meno che non sia specificatamente indicato nelle istruzioni del corso. Tuttavia, se prevede di seguire le formazioni nel proprio ambiente (Installazione manuale), dovrà assicurarsi di utilizzare Nextflow versione 25.10.2 o successiva con il parser di sintassi v2 abilitato.
Versioni precedenti dei materiali di formazione¶
I nostri materiali di formazione sono versionati da febbraio 2025.
Può accedere alle versioni precedenti dei materiali di formazione che funzionano con versioni di Nextflow precedenti alla 25.10.2 tramite il menu a discesa in cima a ogni pagina che mostra la versione numerata dei materiali di formazione. Quando seleziona una versione precedente dei materiali di formazione, i link all'ambiente di formazione specificheranno automaticamente la versione corrispondente dell'ambiente.
Altre informazioni sulle versioni della sintassi Nextflow¶
Nextflow ha due concetti di versionamento distinti che vengono talvolta confusi: versioni DSL e versioni del parser di sintassi.
DSL1 vs DSL2 si riferisce a modi fondamentalmente diversi di scrivere pipeline Nextflow.
DSL1 era la sintassi originale dove i process erano implicitamente connessi attraverso i channel.
DSL2, introdotto in Nextflow 20.07, ha aggiunto funzionalità di modularità: la capacità di importare process e workflow da altri file, blocchi workflow espliciti e output dei process nominati.
DSL1 è stato deprecato in Nextflow 22.03 e rimosso in 22.12.
Tutto il codice Nextflow moderno utilizza DSL2.
Parser di sintassi v1 vs v2 si riferisce a parser diversi che funzionano entrambi con codice DSL2. Il parser v1 è quello originale, più permissivo. Il parser v2 è più rigoroso e abilita nuove funzionalità del linguaggio come la tipizzazione statica (input e output tipizzati) e direttive di output a livello di workflow. Il parser v2 fornisce anche messaggi di errore migliori e rileva più errori in fase di parsing piuttosto che a runtime. Il parser v2 diventerà predefinito in Nextflow 26.04.
In sintesi: DSL2 è il linguaggio che si scrive; la versione del parser di sintassi determina con quanta rigidità viene interpretato quel linguaggio e quali funzionalità avanzate sono disponibili.
Controllare e impostare la versione di Nextflow¶
Può verificare quale versione di Nextflow è installata sul sistema utilizzando il comando nextflow --version.
Per maggiori informazioni su come aggiornare la versione di Nextflow, consulti la documentazione di riferimento su Aggiornamento di Nextflow.
Abilitare il parser di sintassi v2¶
Per abilitare il parser di sintassi v2 per la sessione corrente, eseguite il seguente comando nel terminale:
Per rendere questa impostazione permanente (in attesa che v2 diventi predefinito in Nextflow 26.04), aggiunga il comando export al profilo della shell (~/.bashrc, ~/.zshrc, ecc.):
Si noti che la variabile d'ambiente NXF_SYNTAX_PARSER=v2 è un requisito temporaneo.
Da Nextflow 26.04 in poi, il parser v2 diventerà predefinito e questa impostazione non sarà più necessaria.
Disabilitare il parser di sintassi v2¶
Per disabilitare il parser di sintassi v2 per la sessione corrente, eseguite il seguente comando nel terminale:
Migrazione del codice esistente¶
Per una guida sulla migrazione del codice esistente per conformarsi alle versioni più recenti di Nextflow, consulti le Note di migrazione nella documentazione di riferimento.
Questi due articoli sono particolarmente utili per la migrazione alla release più recente:
Entrambe queste funzionalità sono trattate come parte della formazione per principianti a partire dalla versione 3.0 dei materiali di formazione.
A seconda della generazione di codice Nextflow che intende migrare, potrebbe essere in grado di completare la maggior parte del lavoro tramite il linter di Nextflow utilizzando il comando nextflow lint -format.
Consulti il riferimento CLI per lint per maggiori dettagli.
Speriamo che questo sia utile. Se avete bisogno di aiuto, ci contatti su Slack o sul forum.
