La pipeline Hello

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La maggior parte dei nostri corsi di formazione utilizza una semplice pipeline agnostica rispetto al dominio per dimostrare i concetti e i meccanismi di Nextflow. Il corso Hello Nextflow mostra come sviluppare questa pipeline passo dopo passo, spiegando ogni decisione di progettazione e implementazione. Altri corsi di formazione utilizzano questa pipeline, o parti di essa, come punto di partenza.

Questa pagina riassume lo stato della pipeline al completamento del corso Hello Nextflow.

Descrizione di riepilogo

Il workflow Hello prende un file CSV contenente saluti, li scrive in file separati, converte ciascuno in maiuscolo, li raccoglie nuovamente insieme e produce un singolo file di testo contenente un'immagine ASCII di un personaggio divertente che pronuncia i saluti.

Passaggi del workflow (process)

I quattro passaggi sono implementati come process Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings e cowpy) memorizzati in file modulo separati.

1. sayHello: Scrive ogni saluto nel proprio file di output (es. "Hello-output.txt")
2. convertToUpper: Converte ogni saluto in maiuscolo (es. "HELLO")
3. collectGreetings: Raccoglie tutti i saluti in maiuscolo in un singolo file batch
4. cowpy: Genera arte ASCII utilizzando lo strumento cowpy

Diagramma

Risultati

I risultati vengono pubblicati in una directory chiamata results/, e l'output finale della pipeline (quando eseguita con i parametri predefiniti) è un file di testo semplice contenente arte ASCII di un tacchino che pronuncia i saluti in maiuscolo.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt

  _________
/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
            (      )  _(^)^^))  )  )\^^^^^))^*+/    /       /
          (      /  (_))_^)) )  )  ))^^^^^))^^^)__/     +^^
        (     ,/    (^))^))  )  ) ))^^^^^^^))^^)       _)
          *+__+*       (_))^)  ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^
          \             \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^)
          (_             ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^)
            ^\___            ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\
                  ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\
                    ___) >____) >___   ^\_\_\_\_\_\_\)
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Potrebbe incontrare alcune variazioni nei dettagli a seconda del corso in cui la pipeline è presente.

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