Riepilogo del corso¶
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Congratulazioni per aver completato il corso di formazione Hello nf-core! 🎉
Il suo percorso¶
Ha iniziato imparando a recuperare ed eseguire una pipeline demo, poi ha affrontato la conversione di un semplice workflow Nextflow in una pipeline nf-core. Ha imparato a creare uno scaffold di pipeline utilizzando un template e ha innestato la pipeline esistente su quello scaffold. Poi ha gradualmente perfezionato la pipeline sostituendo uno dei moduli locali con un modulo nf-core, ha trasformato un altro modulo locale per adattarlo agli standard nf-core e ha aggiunto la validazione dell'input.
Cosa ha costruito¶
La sua pipeline finale core-hello ora dispone di:
- Struttura standardizzata utilizzando il template nf-core con directory organizzate per workflows, subworkflows, moduli e configurazione
- Moduli della community dal repository nf-core (
cat/cat) insieme ai suoi moduli personalizzati - Validazione completa che verifica sia i parametri che i dati di input prima dell'esecuzione della pipeline
- Configurazione professionale con profili per diversi ambienti di esecuzione
- Documentazione completa e metadati seguendo le convenzioni nf-core
Competenze chiave acquisite¶
Attraverso questo corso pratico, ha imparato a:
- Navigare e comprendere la struttura delle pipeline nf-core esplorando una pipeline esistente
- Ristrutturare i workflow per renderli componibili e adattarli al template nf-core
- Trovare e integrare moduli pre-costruiti dal repository della community
- Creare moduli personalizzati seguendo gli standard nf-core per denominazione, struttura e metadati
- Implementare la validazione utilizzando nf-schema per individuare errori precocemente con feedback chiari
È ora equipaggiato con le conoscenze fondamentali per costruire pipeline nf-core pronte per la produzione che seguono le best practice della community.
Prossimi passi per sviluppare le sue competenze¶
Ecco i nostri 3 suggerimenti principali per i prossimi passi:
- Applicare Nextflow a un caso d'uso di analisi scientifica con Nextflow for Science
- Esplorare funzionalità più avanzate di Nextflow con le Side Quests
- Partecipare unendosi alla community nf-core.
Infine, Le raccomandiamo di dare un'occhiata a Seqera Platform, una piattaforma basata su cloud sviluppata dai creatori di Nextflow che rende ancora più facile lanciare e gestire i suoi workflow, oltre a gestire i suoi dati ed eseguire analisi in modo interattivo in qualsiasi ambiente.
Questionario di feedback¶
Prima di proseguire, Vi preghiamo di dedicare un minuto per completare il questionario del corso! Il suo feedback ci aiuta a migliorare i nostri materiali di formazione per tutti.