Hello nf-corecourse¶

Riepilogo del corso

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Hello nf-core è un'introduzione pratica all'uso delle risorse e delle best practice di nf-core.

Attraverso esempi pratici ed esercizi guidati, imparerete a utilizzare e sviluppare moduli e pipeline compatibili con nf-core, e a utilizzare efficacemente gli strumenti nf-core.

Acquisirà le competenze e la sicurezza per iniziare a sviluppare pipeline secondo le best practice di nf-core.
Informazioni aggiuntive

Requisiti tecnici

Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Recuperare, lanciare e gestire l'esecuzione di pipeline nf-core
- Descrivere la struttura del codice e l'organizzazione dei progetti delle pipeline nf-core
- Creare una pipeline di base compatibile con nf-core da un template
- Aggiornare un workflow Nextflow semplice per adattarlo agli standard nf-core
- Aggiungere moduli nf-core a una pipeline compatibile con nf-core
- Contribuire con i propri moduli a nf-core
- Validare input e parametri utilizzando gli strumenti nf-core
Destinatari e prerequisiti
- Pubblico: Questo corso è progettato per studenti che hanno già familiarità con Nextflow di base e vogliono imparare a utilizzare le risorse e le best practice di nf-core.
- Competenze: Si presume familiarità con la riga di comando, concetti di scripting di base e formati di file comuni.
- Corsi: È necessario aver completato il corso Hello Nextflow o equivalente.
- Dominio: Gli esercizi sono tutti indipendenti dal dominio, quindi non è richiesta alcuna conoscenza scientifica preliminare.

Panoramica del corso¶

Questo corso è progettato per essere pratico, con esercizi orientati agli obiettivi strutturati per introdurre le informazioni gradualmente.

Verrà introdotto a nf-core, uno sforzo comunitario per sviluppare e mantenere un insieme curato di pipeline scientifiche costruite utilizzando Nextflow, oltre a strumenti e linee guida rilevanti che promuovono lo sviluppo aperto, i test e la revisione tra pari (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025)).

Le pipeline sviluppate dalla comunità nf-core sono progettate per essere modulari, scalabili e portabili, consentendo ai ricercatori di adattarle ed eseguirle facilmente utilizzando i propri dati e risorse di calcolo. Le linee guida sulle best practice applicate dal progetto garantiscono inoltre che le pipeline siano robuste, ben documentate e validate su dataset reali. Questo aiuta ad aumentare l'affidabilità e la riproducibilità delle analisi scientifiche e, in definitiva, consente ai ricercatori di accelerare le proprie scoperte scientifiche.

Non copriremo tutto ciò che c'è da sapere sulle pipeline nf-core in questo corso, perché nf-core comprende molte funzionalità e convenzioni sviluppate dalla comunità nel corso degli anni. Ci concentreremo invece sui concetti essenziali che La aiuteranno a iniziare e a capire come funziona nf-core.

Piano delle lezioni¶

Abbiamo suddiviso il corso in cinque parti, ciascuna focalizzata su aspetti specifici dell'utilizzo delle risorse nf-core.

Capitolo del corso	Riepilogo	Durata stimata
Parte 1: Eseguire una pipeline demo	Eseguire una pipeline nf-core esistente ed esaminare la sua struttura di codice per comprendere cosa rende queste pipeline diverse dai workflow Nextflow di base	30 minuti
Parte 2: Riscrivere Hello per nf-core	Adattare un workflow esistente allo scaffold del template nf-core, partendo dal workflow semplice prodotto nel corso Hello Nextflow	60 minuti
Parte 3: Usare un modulo nf-core	Esplorare la libreria di moduli della comunità e imparare a integrare moduli pre-costruiti e testati che incapsulano strumenti bioinformatici comuni	30 minuti
Parte 4: Creare un modulo nf-core	Creare il proprio modulo in stile nf-core utilizzando la struttura specifica, le convenzioni di denominazione e i requisiti di metadati stabiliti da nf-core	30 minuti
Parte 5: Aggiungere la validazione dell'input	Implementare la validazione dell'input sia per i parametri da riga di comando che per i file di dati di input utilizzando nf-schema	30 minuti

Al termine di questo corso, sarà in grado di sfruttare l'enorme ricchezza di risorse offerte dal progetto nf-core.

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