Per iniziare¶

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Avviare un ambiente di formazione¶

Per utilizzare l'ambiente preconfigurato che forniamo su GitHub Codespaces, cliccate sul pulsante "Open in GitHub Codespaces" qui sotto. Per altre opzioni, consultate Opzioni per l'ambiente.

Vi consigliamo di aprire l'ambiente di formazione in una nuova scheda o finestra del browser (usate il clic destro, ctrl-clic o cmd-clic a seconda del vostro dispositivo) in modo da poter continuare a leggere mentre l'ambiente si carica. Dovrete tenere queste istruzioni aperte in parallelo per lavorare attraverso il corso.

Nozioni di base sull'ambiente¶

Questo ambiente di formazione contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per lavorare attraverso il corso di formazione, quindi non è necessario installare nulla.

Il codespace è configurato con un'interfaccia VSCode, che include un esplora file, un editor di codice e una shell del terminale. Tutte le istruzioni fornite durante il corso (ad es. 'aprite il file', 'modificate il codice' o 'eseguite questo comando') si riferiscono a queste tre parti dell'interfaccia VScode, salvo diversa indicazione.

Se state seguendo questo corso autonomamente, familiarizzatevi con le nozioni di base sull'ambiente per ulteriori dettagli.

Requisiti di versione¶

Questa formazione è progettata per Nextflow 25.10.2 o successivo con il parser di sintassi v2 ABILITATO. Se state utilizzando un ambiente locale o personalizzato, assicuratevi di utilizzare le impostazioni corrette come documentato qui.

Prepararsi a lavorare¶

Una volta che il codespace è in esecuzione, ci sono due cose da fare prima di immergersi nella formazione: impostare la directory di lavoro per questo corso specifico e dare un'occhiata ai materiali forniti.

Impostare la directory di lavoro¶

Per impostazione predefinita, il codespace si apre con la directory di lavoro impostata alla radice di tutti i corsi di formazione, ma per questo corso lavoreremo nella directory hello-nextflow/.

Cambiate directory ora eseguendo questo comando nel terminale:

cd hello-nextflow/

Potete impostare VSCode per focalizzarsi su questa directory, in modo che solo i file rilevanti vengano mostrati nella barra laterale dell'esplora file:

code .

Suggerimento

Se per qualsiasi motivo uscite da questa directory (ad es. il codespace va in sleep), potete sempre usare il percorso completo per tornarci, assumendo che stiate eseguendo all'interno dell'ambiente di formazione Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Ora diamo un'occhiata ai contenuti.

Esplorare i materiali forniti¶

Potete esplorare i contenuti di questa directory utilizzando l'esplora file sul lato sinistro dell'area di lavoro di formazione. In alternativa, potete usare il comando tree.

Durante il corso, utilizziamo l'output di tree per rappresentare la struttura della directory e i contenuti in una forma leggibile, a volte con piccole modifiche per chiarezza.

Qui generiamo una tabella dei contenuti fino al secondo livello:

tree . -L 2

Contenuti della directory

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Cliccate sul riquadro colorato per espandere la sezione e visualizzarne i contenuti. Utilizziamo sezioni espandibili come questa per includere l'output dei comandi atteso in modo conciso.

I file .nf sono script di workflow denominati in base alla parte del corso in cui vengono utilizzati.
Il file nextflow.config è un file di configurazione che imposta proprietà minime dell'ambiente. Potete ignorarlo per ora.
Il file greetings.csv sotto data/ contiene i dati di input che useremo nella maggior parte del corso. È descritto nella Parte 2 (Channels), quando lo introduciamo per la prima volta.
I file test-params.* sono file di configurazione che useremo nella Parte 6 (Configuration). Potete ignorarli per ora.
La directory solutions contiene gli script di workflow completati che risultano da ogni passaggio del corso. Sono pensati per essere usati come riferimento per verificare il vostro lavoro e risolvere eventuali problemi.

Checklist di preparazione¶

Pensate di essere pronti a iniziare?

Comprendo l'obiettivo di questo corso e i suoi prerequisiti
Il mio ambiente è attivo e funzionante
Ho impostato la mia directory di lavoro in modo appropriato

Se potete spuntare tutte le caselle, siete pronti a partire.

Per continuare alla Parte 1: Hello World, cliccate sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.