Résumé du cours

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Félicitations pour avoir terminé le cours de formation Hello Nextflow ! 🎉

Votre parcours

Vous avez commencé avec un flux de travail très basique qui exécutait une commande codée en dur. Au cours des six parties, vous avez transformé ce flux de travail basique en un pipeline modulaire à plusieurs étapes qui exploite les fonctionnalités clés de Nextflow, notamment les canaux, les opérateurs, le support intégré des conteneurs et les options de configuration.

Ce que vous avez construit

• La forme finale du flux de travail Hello prend en entrée un fichier CSV contenant des salutations textuelles.
• Les quatre étapes sont implémentées comme des processus Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings et cowpy) stockés dans des fichiers de modules séparés.
• Les résultats sont publiés dans un répertoire appelé results/.
• La sortie finale du pipeline est un fichier texte brut contenant de l'art ASCII d'un personnage prononçant les salutations en majuscules.

1. sayHello : Écrit chaque salutation dans son propre fichier de sortie (par ex. « Hello-output.txt »)
2. convertToUpper : Convertit chaque salutation en majuscules (par ex. « HELLO »)
3. collectGreetings : Collecte toutes les salutations en majuscules dans un seul fichier de lot
4. cowpy : Génère de l'art ASCII en utilisant l'outil cowpy

La configuration du flux de travail permet de fournir des entrées et des paramètres de manière flexible et reproductible.

Compétences acquises

Grâce à ce cours pratique, vous avez appris à :

• Décrire et utiliser les composants essentiels de Nextflow suffisants pour construire un flux de travail simple à plusieurs étapes
• Décrire des concepts avancés tels que les opérateurs et les fabriques de canaux
• Lancer un flux de travail Nextflow localement
• Trouver et interpréter les sorties (résultats) et les fichiers de log générés par Nextflow
• Résoudre les problèmes de base

Vous êtes maintenant équipé·e des connaissances fondamentales pour commencer à développer et exécuter vos propres flux de travail avec Nextflow.

Prochaines étapes pour développer vos compétences

Voici nos 3 principales suggestions pour ce qu'il faut faire ensuite :

• Appliquer Nextflow à un cas d'utilisation d'analyse scientifique avec Nextflow pour la science
• Démarrer avec nf-core avec Hello nf-core
• Explorer des fonctionnalités Nextflow plus avancées avec les Quêtes annexes

Enfin, nous vous recommandons de jeter un œil à la Plateforme Seqera, une plateforme basée sur le cloud développée par les créateurs de Nextflow qui facilite encore plus le lancement et la gestion de vos flux de travail, ainsi que la gestion de vos données et l'exécution d'analyses interactives dans n'importe quel environnement.

Enquête de satisfaction

Avant de passer à la suite, veuillez prendre une minute pour remplir l'enquête du cours ! Vos commentaires nous aident à améliorer nos supports de formation pour tout le monde.

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