GitHub Codespaces

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GitHub Codespaces est une plateforme web qui nous permet de fournir un environnement préconfiguré pour la formation, soutenu par des machines virtuelles dans le cloud. La plateforme est exploitée par GitHub (qui appartient à Microsoft) et est accessible gratuitement (avec des quotas d'utilisation) à toute personne possédant un compte GitHub.

Avertissement

Les comptes rattachés à des organisations peuvent être soumis à certaines restrictions supplémentaires. Si c'est votre cas, vous devrez peut-être utiliser un compte personnel indépendant ou opter pour une installation locale.

Création d'un compte GitHub

Vous pouvez créer un compte GitHub gratuit depuis la page d'accueil de GitHub.

Lancement de votre GitHub Codespace

Une fois connecté à GitHub, ouvrez ce lien dans votre navigateur pour ouvrir l'environnement de formation Nextflow : https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master

Vous pouvez également cliquer sur le bouton ci-dessous, qui est répété dans chaque cours de formation (généralement sur la page d'orientation).

Vous devriez voir une page où vous pouvez créer un nouveau GitHub Codespace :

Configuration

Pour une utilisation générale, vous ne devriez rien avoir à configurer. Sauf indication contraire dans le cours que vous commencez, vous pouvez simplement cliquer sur le bouton principal pour continuer.

Cependant, il est possible de personnaliser l'environnement en cliquant sur le bouton « Change options ».

Options de configuration

Si vous cliquez sur le bouton « Change options », vous aurez la possibilité de personnaliser les éléments suivants :

Branche

Cela vous permet de sélectionner une version différente des supports de formation. La branche master contient généralement des corrections de bogues et des supports récemment développés et approuvés mais pas encore publiés sur le site web. Les autres branches contiennent des travaux en cours qui peuvent ne pas être entièrement fonctionnels.

Type de machine

Cela vous permet de personnaliser la machine virtuelle que vous utiliserez pour suivre la formation.

Utiliser une machine avec plus de cœurs vous permet de mieux tirer parti de la capacité de Nextflow à paralléliser l'exécution des flux de travail. Cependant, cela consommera plus rapidement votre quota gratuit, nous ne recommandons donc pas de modifier ce paramètre à moins que cela ne soit conseillé dans les instructions du cours que vous prévoyez de suivre.

Voir « Quotas GitHub Codespaces » ci-dessous pour plus de détails sur les quotas.

Temps de démarrage

L'ouverture d'un nouvel environnement GitHub Codespaces pour la première fois peut prendre plusieurs minutes, car le système doit configurer votre machine virtuelle, alors ne vous inquiétez pas s'il y a un temps d'attente. Cependant, cela ne devrait pas prendre plus de cinq minutes.

Navigation dans l'interface de formation

Une fois votre GitHub Codespaces chargé, vous devriez voir quelque chose de similaire à ce qui suit (qui peut s'ouvrir en mode clair selon les préférences de votre compte) :

Ceci est l'interface de l'IDE VSCode, une application de développement de code populaire que nous recommandons d'utiliser pour le développement Nextflow.

• L'éditeur principal est l'endroit où le code Nextflow et d'autres fichiers texte s'ouvriront. C'est ici que vous modifierez le code. Lorsque vous ouvrez le codespace, cela vous montrera un aperçu du fichier README.md.
• Le terminal sous l'éditeur principal vous permet d'exécuter des commandes. C'est ici que vous exécuterez toutes les lignes de commande données dans les instructions du cours.
• La barre latérale vous permet de personnaliser votre environnement et d'effectuer des tâches de base (copier, coller, ouvrir des fichiers, rechercher, git, etc.). Par défaut, elle est ouverte sur l'explorateur de fichiers, qui vous permet de parcourir le contenu du dépôt. Cliquer sur un fichier dans l'explorateur l'ouvrira dans la fenêtre de l'éditeur principal.

Vous pouvez ajuster les proportions relatives des volets de la fenêtre comme vous le souhaitez.

Autres notes sur l'utilisation de GitHub Codespaces

Reprendre une session

Une fois que vous avez créé un environnement, vous pouvez facilement le reprendre ou le redémarrer et continuer là où vous vous étiez arrêté. Votre environnement expirera après 30 minutes d'inactivité et sauvegardera vos modifications pendant 2 semaines maximum.

Vous pouvez rouvrir un environnement depuis https://github.com/codespaces/. Les environnements précédents seront listés. Cliquez sur une session pour la reprendre.

Si vous avez enregistré l'URL de votre environnement GitHub Codespaces précédent, vous pouvez simplement l'ouvrir dans votre navigateur. Sinon, cliquez sur le même bouton que vous avez utilisé pour le créer initialement :

Vous devriez voir la session précédente, l'option par défaut est de la reprendre :

Enregistrement de fichiers sur votre machine locale

Pour enregistrer n'importe quel fichier depuis le panneau de l'explorateur, faites un clic droit sur le fichier et sélectionnez Download.

Gestion des quotas GitHub Codespaces

GitHub Codespaces vous donne jusqu'à 15 Go-mois de stockage par mois et 120 heures-cœur par mois. Cela équivaut à environ 60 heures d'exécution de l'environnement par défaut en utilisant l'espace de travail standard (2 cœurs, 8 Go de RAM et 32 Go de stockage).

Vous pouvez les créer avec plus de ressources (voir l'explication ci-dessus), mais cela consommera plus rapidement votre utilisation gratuite et vous aurez moins d'heures d'accès à cet espace. Par exemple, si vous sélectionnez une machine à 4 cœurs au lieu des 2 cœurs par défaut, votre quota s'épuisera deux fois plus vite.

Vous pouvez optionnellement acheter l'accès à plus de ressources.

Pour plus d'informations, consultez la documentation GitHub : À propos de la facturation pour GitHub Codespaces