Nextflow para Genómica

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

Este curso de entrenamiento está dirigido a investigadores en genómica y campos relacionados que estén interesados en desarrollar o personalizar pipelines de análisis de datos. Se basa en el entrenamiento para principiantes Hello Nextflow y demuestra cómo usar Nextflow en el contexto específico del dominio de la genómica.

Específicamente, este curso demuestra cómo implementar un pipeline simple de llamado de variantes con GATK (Genome Analysis Toolkit), un paquete de software ampliamente utilizado para analizar datos de secuenciación de alto rendimiento.

¡Comencemos! Haga clic en el botón "Open in GitHub Codespaces" a continuación para iniciar el entorno de entrenamiento (preferiblemente en una pestaña separada), luego continúe leyendo mientras se carga.

Objetivos de aprendizaje

Al completar este curso, aprenderá cómo aplicar conceptos y herramientas fundamentales de Nextflow a un caso de uso típico de genómica.

Al final de este taller será capaz de:

• Escribir un workflow lineal para aplicar llamado de variantes a una única muestra
• Manejar archivos accesorios como archivos de índice y recursos del genoma de referencia de manera apropiada
• Aprovechar el paradigma de flujo de datos de Nextflow para paralelizar el llamado de variantes por muestra
• Implementar llamado de variantes de múltiples muestras utilizando operadores de canal relevantes
• Implementar pruebas por paso y de extremo a extremo del pipeline que manejen idiosincrasias específicas de genómica de manera apropiada

Requisitos previos

El curso asume cierta familiaridad mínima con lo siguiente:

• Herramientas y formatos de archivo comúnmente utilizados en este dominio científico
• Experiencia con la línea de comandos
• Conceptos fundamentales de Nextflow y herramientas cubiertas en el entrenamiento para principiantes Hello Nextflow

Para requisitos técnicos y configuración del entorno, consulte el mini-curso Configuración del Entorno.