Resumen del curso¶
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
¡Felicidades por completar el curso de entrenamiento Nextflow Run!
Su recorrido¶
Comenzó con un workflow muy básico, y aprendió a ejecutarlo, encontrar las salidas y gestionar su ejecución. Luego, trabajó a través de versiones cada vez más complejas de ese workflow y aprendió a reconocer los conceptos y mecanismos esenciales que impulsan los pipelines de Nextflow, incluyendo channels y operadores, modularización de código y contenedores. Finalmente, aprendió cómo personalizar la configuración de un pipeline para adaptarlo a sus preferencias y su infraestructura computacional.
Lo que aprendió¶
Ahora puede gestionar la ejecución del pipeline Hello, describir cómo está estructurado e identificar las piezas principales de código involucradas.
- La forma final del workflow Hello toma como entrada un archivo CSV que contiene saludos de texto.
- Los cuatro pasos están implementados como processes de Nextflow (
sayHello,convertToUpper,collectGreetingsycowpy) almacenados en archivos de módulos separados. - Los resultados se publican en un directorio llamado
results/. - La salida final del pipeline es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un personaje diciendo los saludos en mayúsculas.
sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (ej. "Hello-output.txt")convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (ej. "HELLO")collectGreetings: Recolecta todos los saludos en mayúsculas en un único archivo de lotecowpy: Genera arte ASCII usando la herramientacowpy
La configuración del workflow soporta proporcionar entradas y parámetros de manera flexible y reproducible.
Habilidades adquiridas¶
A través de este curso práctico, ha aprendido cómo:
- Lanzar un workflow de Nextflow localmente
- Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
- Reconocer los componentes principales de Nextflow que constituyen un workflow simple de múltiples pasos
- Describir conceptos del siguiente nivel como operadores y fábricas de channels
- Configurar pipelines para diferentes entornos de cómputo
Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a integrar pipelines de Nextflow existentes en su propio trabajo.
Próximos pasos para desarrollar sus habilidades¶
Aquí están nuestras principales sugerencias de qué hacer a continuación:
- ¡No solo ejecute Nextflow, escríbalo! Conviértase en un desarrollador de Nextflow con Hello Nextflow
- Aplique Nextflow a un caso de uso de análisis científico con Nextflow for Science
- Comience con nf-core con Hello nf-core
- Aprenda técnicas de solución de problemas con el Debugging Side Quest
Finalmente, le recomendamos que eche un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que hace aún más fácil lanzar y gestionar sus workflows, así como gestionar sus datos y ejecutar análisis interactivamente en cualquier entorno.
Obtener ayuda¶
Para recursos de ayuda y soporte de la comunidad, vea la página de Ayuda.
Encuesta de retroalimentación¶
Antes de continuar, ¡tómese un minuto para completar la encuesta del curso! Su retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de entrenamiento para todos.