Nextflow für Genomik

KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

Dieser Trainingskurs richtet sich an Forschende im Bereich Genomik und verwandten Feldern, die daran interessiert sind, Datenanalyse-Pipelines zu entwickeln oder anzupassen. Er baut auf dem Hello Nextflow Einsteiger-Training auf und zeigt, wie du Nextflow im spezifischen Kontext der Genomik-Domäne nutzen kannst.

Konkret demonstriert dieser Kurs, wie du eine einfache Variant-Calling-Pipeline mit GATK (Genome Analysis Toolkit) implementierst, einem weit verbreiteten Softwarepaket zur Analyse von High-Throughput-Sequenzierungsdaten.

Los geht's! Klicke auf die Schaltfläche „Open in GitHub Codespaces" unten, um die Trainingsumgebung zu starten (am besten in einem separaten Tab), und lies dann weiter, während sie lädt.

Lernziele

Durch die Bearbeitung dieses Kurses lernst du, wie du grundlegende Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge auf einen typischen Genomik-Anwendungsfall anwendest.

Am Ende dieses Workshops kannst du:

• Einen linearen Workflow zu schreiben, um Variant Calling auf eine einzelne Probe anzuwenden
• Zusatzdateien wie Index-Dateien und Referenzgenom-Ressourcen angemessen zu handhaben
• Das Dataflow-Paradigma von Nextflow zu nutzen, um Variant Calling pro Probe zu parallelisieren
• Multi-Sample Variant Calling mit relevanten Channel-Operatoren zu implementieren
• Tests pro Schritt und Ende-zu-Ende-Pipeline-Tests zu implementieren, die genomik-spezifische Besonderheiten angemessen behandeln

Voraussetzungen

Der Kurs setzt ein Mindestmaß an Vertrautheit mit Folgendem voraus:

• Werkzeuge und Dateiformate, die in diesem wissenschaftlichen Bereich häufig verwendet werden
• Erfahrung mit der Kommandozeile
• Grundlegende Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge, die im Hello Nextflow Einsteiger-Training behandelt werden.

Für technische Anforderungen und Umgebungs-Setup siehe den Mini-Kurs Environment Setup.