Nextflow Runcourse¶
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Kursübersicht
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Nextflow Run ist eine praktische Einführung in die Ausführung reproduzierbarer und skalierbarer Datenanalyse-Workflows.
Durch praktische Beispiele und geführte Übungen lernst du die Grundlagen der Verwendung von Nextflow, einschließlich der Ausführung von Pipelines, der Verwaltung von Dateien und Software-Abhängigkeiten, der mühelosen Parallelisierung der Ausführung und der Ausführung von Workflows in verschiedenen Rechenumgebungen.
Nach diesem Kurs kannst du Workflows mit Nextflow ausführen.
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Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Nextflow-Workflows starten und ihre Ausführung verwalten
- Ausgaben (Ergebnisse) und Protokolldateien finden und interpretieren
- Kernkomponenten von Nextflow in einem einfachen mehrstufigen Workflow erkennen
- Pipeline-Ausführung für gängige Rechenplattformen einschließlich HPC und Cloud konfigurieren
- Best Practices für Reproduzierbarkeit, Portabilität und Code-Wiederverwendung zusammenfassen, die Pipelines FAIR machen, einschließlich Code-Modularität und Software-Container
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Lernende, die völlig neu bei Nextflow sind und bestehende Pipelines ausführen möchten.
- Kenntnisse: Grundlegende Vertrautheit mit der Befehlszeile, grundlegenden Scripting-Konzepten und gängigen Dateiformaten wird vorausgesetzt.
- Fachgebiet: Die Übungen sind alle fachunabhängig, sodass keine wissenschaftlichen Vorkenntnisse erforderlich sind.
Kursübersicht¶
Was du tun wirst¶
Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die Informationen schrittweise einführen.
Du wirst mehrere Versionen einer Nextflow-Pipeline ausführen, die Texteingaben verarbeitet. Du beginnst mit einer einfachen Version, die aus einem einzelnen Schritt besteht, und gelangst schließlich zu einer mehrstufigen Version, die eine CSV-Datei mit tabellarischen Texteingaben nimmt, einige Transformationsschritte ausführt und eine einzelne Textdatei ausgibt, die ein ASCII-Bild eines Charakters enthält, der den transformierten Text sagt.
Dieser Kurs konzentriert sich auf das Ausführen von Pipelines (benannt nach dem Kernbefehl nextflow run).
Wenn du eine Einführung in die Entwicklung von Nextflow-Pipelines suchst, siehe Hello Nextflow.
Lehrplan¶
Wir haben dies in drei Teile unterteilt, die sich jeweils auf bestimmte Aspekte des Ausführens und Verwaltens von Pipelines konzentrieren, die in Nextflow geschrieben sind.
| Kurskapitel | Zusammenfassung | Geschätzte Dauer |
|---|---|---|
| Teil 1: Grundlegende Operationen | Starten und Verwalten der Ausführung eines einfachen Workflows | 30 Min |
| Teil 2: Echte Pipelines ausführen | Komplexe Eingaben verarbeiten, mehrstufige Workflows ausführen, Container verwenden und mühelos parallelisieren | 60 Min |
| Teil 3: Konfiguration | Pipeline-Verhalten anpassen und Nutzung in verschiedenen Rechenumgebungen optimieren | 60 Min |
Nach Abschluss dieses Kurses bist du bereit, reproduzierbare Workflows für deine eigenen Projekte auszuführen.
Bereit, den Kurs zu beginnen?