Erste Schritte

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Trainingsumgebung starten

Um die vorgefertigte Umgebung zu nutzen, die wir auf GitHub Codespaces bereitstellen, klicke auf den Button "Open in GitHub Codespaces" unten. Für weitere Optionen siehe Umgebungsoptionen.

Wir empfehlen, die Trainingsumgebung in einem neuen Browser-Tab oder -Fenster zu öffnen (verwende Rechtsklick, Strg-Klick oder Cmd-Klick je nach Gerät), damit du weiterlesen kannst, während die Umgebung lädt. Du musst diese Anweisungen parallel geöffnet halten, um den Kurs durchzuarbeiten.

Grundlagen der Umgebung

Diese Trainingsumgebung enthält alle Software, den Code und die Daten, die zum Durcharbeiten des Trainingskurses erforderlich sind, sodass du selbst nichts installieren musst.

Der Codespace ist mit einer VSCode-Oberfläche eingerichtet, die einen Dateisystem-Explorer, einen Code-Editor und eine Terminal-Shell umfasst. Alle Anweisungen während des Kurses (z.B. 'öffne die Datei', 'bearbeite den Code' oder 'führe diesen Befehl aus') beziehen sich auf diese drei Teile der VScode-Oberfläche, sofern nicht anders angegeben.

Wenn du diesen Kurs selbstständig durcharbeitest, mache dich bitte mit den Grundlagen der Umgebung für weitere Details vertraut.

Versionsanforderungen

Dieses Training ist für Nextflow 25.10.2 oder höher mit aktiviertem v2 Syntax-Parser konzipiert. Wenn du eine lokale oder benutzerdefinierte Umgebung verwendest, stelle bitte sicher, dass du die korrekten Einstellungen wie hier dokumentiert verwendest.

Vorbereitung

Sobald dein Codespace läuft, musst du zwei Dinge tun, bevor du mit dem Training beginnst: das Arbeitsverzeichnis für diesen spezifischen Kurs festlegen und einen Blick auf die bereitgestellten Materialien werfen.

Arbeitsverzeichnis festlegen

Standardmäßig öffnet der Codespace mit dem Arbeitsverzeichnis im Stammverzeichnis aller Trainingskurse, aber für diesen Kurs werden wir im Verzeichnis hello-nextflow/ arbeiten.

Wechsle jetzt das Verzeichnis, indem du diesen Befehl im Terminal ausführst:

cd hello-nextflow/

Du kannst VSCode auf dieses Verzeichnis fokussieren lassen, sodass nur die relevanten Dateien in der Datei-Explorer-Seitenleiste angezeigt werden:

code .

Tipp

Falls du aus irgendeinem Grund dieses Verzeichnis verlässt (z.B. wenn dein Codespace in den Ruhezustand geht), kannst du immer den vollständigen Pfad verwenden, um dorthin zurückzukehren, vorausgesetzt du arbeitest in der Github Codespaces Trainingsumgebung:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Schauen wir uns nun den Inhalt an.

Bereitgestellte Materialien erkunden

Du kannst den Inhalt dieses Verzeichnisses über den Datei-Explorer auf der linken Seite des Trainingsarbeitsbereichs erkunden. Alternativ kannst du den tree-Befehl verwenden.

Im gesamten Kurs verwenden wir die Ausgabe von tree, um die Verzeichnisstruktur und den Inhalt in einer lesbaren Form darzustellen, manchmal mit geringfügigen Änderungen zur Klarheit.

Hier generieren wir ein Inhaltsverzeichnis bis zur zweiten Ebene:

tree . -L 2

Verzeichnisinhalt

.
├── data
│   └── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
├── test-params.json
└── test-params.yaml

Klicke auf das farbige Kästchen, um den Abschnitt zu erweitern und seinen Inhalt anzuzeigen. Wir verwenden ausklappbare Abschnitte wie diesen, um erwartete Befehlsausgaben kompakt darzustellen.

• Die .nf-Dateien sind Workflow-Skripte, die nach dem Teil des Kurses benannt sind, in dem sie verwendet werden.

• Die Datei nextflow.config ist eine Konfigurationsdatei, die minimale Umgebungseigenschaften festlegt. Du kannst sie vorerst ignorieren.

• Die Datei greetings.csv unter data/ enthält Eingabedaten, die wir im größten Teil des Kurses verwenden werden. Sie wird in Teil 2 (Channels) beschrieben, wenn wir sie zum ersten Mal einführen.

• Die test-params.*-Dateien sind Konfigurationsdateien, die wir in Teil 6 (Konfiguration) verwenden werden. Du kannst sie vorerst ignorieren.

• Das solutions-Verzeichnis enthält die fertigen Workflow-Skripte, die aus jedem Schritt des Kurses resultieren. Sie sind als Referenz gedacht, um deine Arbeit zu überprüfen und eventuelle Probleme zu beheben.

Bereitschafts-Checkliste

Bist du bereit?

• Ich verstehe das Ziel dieses Kurses und seine Voraussetzungen
• Meine Umgebung läuft
• Ich habe mein Arbeitsverzeichnis entsprechend festgelegt

Wenn du alle Kästchen abhaken kannst, bist du startklar.

Um zu Teil 1: Hello World fortzufahren, klicke auf den Pfeil in der unteren rechten Ecke dieser Seite.