Lokale Devcontainers¶

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Wenn du eine lokale Docker-Installation hast oder bereit bist, eine zu installieren, ist der einfachste Weg, lokal mit diesen Materialien zu arbeiten, die Devcontainer-Funktion von Visual Studio Code zu verwenden. Dieser Ansatz stellt alle notwendigen Tools und Abhängigkeiten bereit, ohne dass eine manuelle Installation erforderlich ist.

Anforderungen¶

Um das lokale Devcontainer-Setup zu verwenden, benötigst du:

Visual Studio Code
Eine lokale Docker-Installation, zum Beispiel:
Docker Desktop (für Windows/macOS)
Docker Engine (für Linux)
Colima (Alternative für macOS)
Docker Buildx (in Docker Desktop enthalten, kann aber bei anderen Docker-Setups eine separate Installation erfordern)
Dev Containers-Erweiterung für VS Code

Deine Docker-Installation muss laufen, bevor du versuchst, den Devcontainer zu öffnen.

Um zu überprüfen, ob Docker buildx verfügbar ist, führe aus:

docker buildx version

Wenn dieser Befehl fehlschlägt, musst du die buildx-Erweiterung installieren, bevor du fortfährst.

Einrichtungsanleitung¶

Folge diesen Schritten, um deine lokale Umgebung mit VS Code Devcontainers einzurichten:

Installiere die "Dev Containers"-Erweiterung in VS Code¶

Öffne VS Code
Gehe zu Extensions (Strg+Umschalt+X oder Cmd+Umschalt+X auf macOS)
Suche nach "Dev Containers"
Klicke auf "Install"

Installation der Dev Containers-Erweiterung in VS Code

Klone das Repository:¶

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Öffne das Repository in VS Code:¶

Starte VS Code
Wähle Datei -> Ordner öffnen aus dem Menü
Navigiere zum gerade geklonten Training-Repository-Ordner und wähle ihn aus
Klicke auf Öffnen

In Container erneut öffnen¶

Wenn VS Code dich auffordert, "In Container erneut öffnen", klicke darauf. Alternativ:

Drücke F1 (oder Strg+Umschalt+P / Cmd+Umschalt+P auf macOS)
Tippe "Dev Containers: Reopen in Container"
Wichtig: Wenn du aufgefordert wirst, eine Konfiguration auszuwählen, wähle die local-dev Devcontainer-Konfiguration

Aufforderung zum erneuten Öffnen im Container

Auswahl der lokalen Konfiguration

Warte, bis der Container erstellt ist. Dies kann beim ersten Mal einige Minuten dauern, da alle notwendigen Komponenten heruntergeladen und eingerichtet werden.

Sobald der Container erstellt und ausgeführt wird, hast du eine vollständig konfigurierte Umgebung mit allen installierten notwendigen Tools, einschließlich:

Java
Nextflow
Docker
Git
Und alle anderen für das Training erforderlichen Abhängigkeiten

VS Code mit laufendem Devcontainer

Vorteile der Verwendung von Devcontainers¶

Die Verwendung des Devcontainer-Ansatzes bietet mehrere Vorteile:

Konsistenz: Stellt eine konsistente Entwicklungsumgebung über verschiedene Maschinen hinweg sicher
Einfachheit: Alle Abhängigkeiten sind vorinstalliert und konfiguriert
Isolation: Die Entwicklungsumgebung ist von deinem lokalen System isoliert
Reproduzierbarkeit: Jeder, der den Devcontainer verwendet, erhält dasselbe Setup
Keine manuelle Installation: Keine Notwendigkeit, Java, Nextflow und andere Tools manuell zu installieren

Überprüfung deiner Umgebung¶

Sobald dein Devcontainer läuft, kannst du überprüfen, ob alles korrekt eingerichtet ist, indem du ausführst:

nextflow info

Dies sollte die Nextflow-Version und Laufzeitinformationen anzeigen und bestätigen, dass deine Umgebung korrekt konfiguriert ist.

Fehlerbehebung¶

Wenn du Probleme mit dem Devcontainer-Setup hast:

Stelle sicher, dass deine Docker-Installation (Docker Desktop, Colima, Docker Engine usw.) läuft, bevor du den Devcontainer öffnest
Überprüfe, dass du die local-dev-Konfiguration ausgewählt hast, wenn du dazu aufgefordert wurdest
Überprüfe, ob Docker buildx installiert ist und funktioniert, indem du docker buildx version ausführst
Wenn der Container nicht erstellt werden kann, versuche ihn neu zu erstellen, indem du den Befehl "Dev Containers: Rebuild Container" ausführst
Bei anhaltenden Problemen siehe den VS Code Dev Containers-Fehlerbehebungsleitfaden