GitHub Codespaces

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GitHub Codespaces ist eine webbasierte Plattform, die es uns ermöglicht, eine vorkonfigurierte Umgebung für das Training bereitzustellen, unterstützt durch virtuelle Maschinen in der Cloud. Die Plattform wird von GitHub (das zu Microsoft gehört) betrieben und ist kostenlos (mit Nutzungskontingenten) für jeden mit einem GitHub-Konto zugänglich.

Warnung

Konten, die mit Organisationen verbunden sind, können bestimmten zusätzlichen Einschränkungen unterliegen. In diesem Fall musst du möglicherweise ein unabhängiges persönliches Konto verwenden oder stattdessen eine lokale Installation nutzen.

Erstellen eines GitHub-Kontos

Du kannst ein kostenloses GitHub-Konto auf der GitHub-Startseite erstellen.

Starten deines GitHub Codespace

Sobald du bei GitHub angemeldet bist, öffne diesen Link in deinem Browser, um die Nextflow-Trainingsumgebung zu öffnen: https://codespaces.new/nextflow-io/training?quickstart=1&ref=master

Alternativ kannst du auf den unten gezeigten Button klicken, der in jedem Trainingskurs wiederholt wird (typischerweise auf der Orientierungsseite).

Dir sollte eine Seite angezeigt werden, auf der du einen neuen GitHub Codespace erstellen kannst:

Konfiguration

Für die allgemeine Nutzung solltest du nichts konfigurieren müssen. Sofern nicht anders im Kurs angegeben, den du beginnst, kannst du einfach auf den Hauptbutton klicken, um fortzufahren.

Es ist jedoch möglich, die Umgebung anzupassen, indem du auf den Button "Change options" klickst.

Konfigurationsoptionen

Wenn du auf den Button "Change options" klickst, erhältst du die Möglichkeit, Folgendes anzupassen:

Branch

Dies ermöglicht dir, eine andere Version der Trainingsmaterialien auszuwählen. Der master-Branch enthält im Allgemeinen Fehlerbehebungen und Materialien, die kürzlich entwickelt und genehmigt wurden, aber noch nicht auf der Website veröffentlicht wurden. Andere Branches enthalten laufende Arbeiten, die möglicherweise nicht vollständig funktionsfähig sind.

Maschinentyp

Dies ermöglicht dir, die virtuelle Maschine anzupassen, die du zum Durcharbeiten des Trainings verwendest.

Die Verwendung einer Maschine mit mehr Kernen ermöglicht es dir, Nextflows Fähigkeit zur Parallelisierung der Workflow-Ausführung besser zu nutzen. Dies verbraucht jedoch dein kostenloses Kontingent schneller, daher empfehlen wir nicht, diese Einstellung zu ändern, es sei denn, es wird in den Anweisungen des Kurses empfohlen, den du planst zu absolvieren.

Siehe 'GitHub Codespaces-Kontingente' unten für weitere Details zu Kontingenten.

Startzeit

Das erstmalige Öffnen einer neuen GitHub Codespaces-Umgebung kann mehrere Minuten dauern, da das System deine virtuelle Maschine einrichten muss. Mache dir also keine Sorgen, wenn es eine Wartezeit gibt. Es sollte jedoch nicht länger als fünf Minuten dauern.

Navigation in der Trainingsoberfläche

Sobald dein GitHub Codespace geladen ist, solltest du etwas Ähnliches wie das Folgende sehen (das je nach deinen Kontoeinstellungen im hellen Modus geöffnet werden kann):

Dies ist die Oberfläche der VSCode IDE, einer beliebten Anwendung zur Codeentwicklung, die wir für die Nextflow-Entwicklung empfehlen.

• Der Haupteditor ist der Bereich, in dem Nextflow-Code und andere Textdateien geöffnet werden. Hier wirst du Code bearbeiten. Wenn du den Codespace öffnest, zeigt dieser dir eine Vorschau der README.md-Datei.
• Das Terminal unter dem Haupteditor ermöglicht es dir, Befehle auszuführen. Hier wirst du alle Befehlszeilen ausführen, die in den Kursanweisungen gegeben werden.
• Die Seitenleiste ermöglicht es dir, deine Umgebung anzupassen und grundlegende Aufgaben durchzuführen (Kopieren, Einfügen, Dateien öffnen, Suchen, Git usw.). Standardmäßig ist sie im Datei-Explorer geöffnet, der es dir ermöglicht, den Inhalt des Repositorys zu durchsuchen. Das Klicken auf eine Datei im Explorer öffnet sie im Haupteditorfenster.

Du kannst die relativen Proportionen der Fensterbereiche nach Belieben anpassen.

Weitere Hinweise zur Verwendung von GitHub Codespaces

Wiederaufnahme einer Sitzung

Sobald du eine Umgebung erstellt hast, kannst du sie einfach fortsetzen oder neu starten und dort weitermachen, wo du aufgehört hast. Deine Umgebung wird nach 30 Minuten Inaktivität in den Timeout gehen und deine Änderungen bis zu 2 Wochen speichern.

Du kannst eine Umgebung unter https://github.com/codespaces/ wieder öffnen. Frühere Umgebungen werden aufgelistet. Klicke auf eine Sitzung, um sie fortzusetzen.

Wenn du die URL für deine frühere GitHub Codespaces-Umgebung gespeichert hast, kannst du sie einfach in deinem Browser öffnen. Alternativ klicke auf denselben Button, den du ursprünglich zum Erstellen verwendet hast:

Du solltest die frühere Sitzung sehen. Die Standardoption ist, sie fortzusetzen:

Dateien auf deinem lokalen Rechner speichern

Um eine Datei aus dem Explorer-Panel zu speichern, klicke mit der rechten Maustaste auf die Datei und wähle Download.

Verwaltung der GitHub Codespaces-Kontingente

GitHub Codespaces gibt dir bis zu 15 GB-Monat Speicherplatz pro Monat und 120 Core-Stunden pro Monat. Dies entspricht etwa 60 Stunden der Standard-Umgebungslaufzeit mit dem Standard-Workspace (2 Kerne, 8 GB RAM und 32 GB Speicher).

Du kannst sie mit mehr Ressourcen erstellen (siehe Erklärung oben), aber dies verbraucht deine kostenlose Nutzung schneller und du hast weniger Stunden Zugang zu diesem Space. Wenn du beispielsweise eine 4-Kern-Maschine anstelle der 2-Kern-Standardmaschine auswählst, ist dein Kontingent in der Hälfte der Zeit aufgebraucht.

Optional kannst du Zugang zu mehr Ressourcen erwerben.

Weitere Informationen findest du in der GitHub-Dokumentation: Über die Abrechnung für GitHub Codespaces