Umgebungsoptionen¶
KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen
Wir möchten eine konsistente und gründlich getestete Umgebung bereitstellen, die es Lernenden ermöglicht, sich auf das Erlernen von Nextflow zu konzentrieren, ohne Zeit und Mühe für die Softwareverwaltung aufwenden zu müssen. Zu diesem Zweck haben wir eine containerisierte Umgebung entwickelt, die alle notwendige Software, Codedateien und Beispieldaten enthält, um alle unsere Kurse durchzuarbeiten.
Diese containerisierte Umgebung kann sofort auf GitHub Codespaces oder lokal in VS Code mit der Devcontainers-Erweiterung ausgeführt werden.
- GitHub Codespaces
GitHub Codespaces ist ein webbasierter Dienst, der es uns ermöglicht, eine vorkonfigurierte Umgebung für das Training bereitzustellen, mit allen Tools und Daten inklusive, unterstützt durch virtuelle Maschinen in der Cloud. Er ist kostenlos für jeden mit einem GitHub-Konto zugänglich.
- Lokale Devcontainers
VS Code mit Devcontainers bietet eine lokal ausgeführte, containerisierte Entwicklungsumgebung mit allen vorinstallierten Trainingstools. Sie bietet dieselbe vorkonfigurierte Umgebung wie Codespaces, läuft aber vollständig auf deiner lokalen Hardware.
Anleitung zur manuellen Installation¶
Wenn keine der oben genannten Optionen deinen Anforderungen entspricht, kannst du diese Umgebung auf deinem eigenen lokalen System replizieren, indem du die Software-Abhängigkeiten manuell installierst und das Training-Repository klonst.
Einstellung von Gitpod
Das Nextflow-Training verwendete bis Februar 2025 Gitpod. Allerdings entschieden sich die Macher von Gitpod, die kostenlose Funktionalität zugunsten des Gitpod Flex-Systems einzustellen. Aus diesem Grund sind wir zu GitHub Codespaces gewechselt, das ebenfalls eine Ein-Klick-Entwicklungsumgebung ohne vorherige Einrichtung bietet.
Je nachdem, wann du dich bei Gitpod angemeldet hast und wann genau der Dienst eingestellt wird, kannst du das Training möglicherweise noch in deren alter Cloud-IDE starten, obwohl wir keinen zuverlässigen Zugang für die Zukunft garantieren können: In Gitpod öffnen.